Roku 1351 daroval tento kostel císař Karel IV. křižovníkům v Písku, odkud byl administrován. Během třicetileté války byl kostel i se školou zbořen a znovu vystavěn roku 1639. Stavba byla financována z kostelního jmění. V roce 1689 byl kostel po požáru opět obnovován. K roku 1640 a 1641 se váží následující informace: V té době zde byl farářem Martin Valaský, převor dominikánského kláštera v Písku, který byl zároveň píseckým děkanem. Kromě Horního Záhoří spravoval ještě kostely v Oslově, Chřešťovicích a Červené. Patronem kostela byl Jan Vilém ze Švamberka. Roku 1672 se uvádí, že jako druhý opět v Záhoří sídlící farář zde působil světský kněz Jan Celestin. Kaplanské místo zde bylo nadáno v roce 1765.
Kostel je jednolodní s obdélným pravoúhle zakončeným presbytářem, s obdélnou sakristií na severní straně presbytáře a s předsíňkou před západním průčelím. Presbytář je sklenut dvěma poli křížové klenby na žebrech, vybíhajících z ostruhově podsekávaných konzol. V severní stěně presbytáře je portálek s mírně zkoseným ostěním do sakristie, sklenuté valeně; loď je plochostropá, kruchta na dvou pilířích,podklenuta třemi poli křížové klenby, oddělené pásy; západní předsíňka je plochostropá.
V kostele je obzvláštně cenné zaklenutí presbytáře dvěma poli křížové klenby s viditelnými klínovitými žebry spojenými do svorníku, dále valené zaklenutí sakristie, zaklenutí podkruchtí třemi poli křížové klenby a velký počet architektonických detailů a stavebních prvků, jako jsou např. zámečnické detaily, kamenné portály. Nad lodí i nad presbytářem se dochoval hodnotný barokní krov s ležatou stolicí
Zařízení kostel je jednotné, rokokové z poloviny 18. století, kvalitní, na oltářích původní obrazy. Hlavní oltář sv. Michala je od L.Hubeni z Českých Budějovic z 1et 1777-78, obraz od F. Prokyše; dva protějškové boční oltáře Panny Marie a sv. Josefa jsou portálové.
Kazatelna s reliéfy Oběti Abrahamovy, Krista v zahradě Getsemanské a Vyvedení sv. Petra ze žaláře od L. Hubera, současně s hlavním oltářem; cínová křtitelnice je z roku 1755.
Podle : Kol.Umělecké památky Čech A/J,svazek první
web NPÚ