Jedná se tedy o třetí nejstarší českou přírodní rezervaci. Některé stromy tu jsou staré  400 až 500 let, mezi nejznámější zástupce patřil Král smrků, jenž byl povalen sněhovou vichřicí v roce 1970. Samotný prales je však mnohem starší.

Rezervace byla zřízena na popud lesníka Josefa Johna a během let se postupně rozrůstala z 47 ha na současných 685 ha. V průběhu let byla část pralesa poničena povětrnostními vlivy, narůstající turistikou, kůrovcovou kalamitou i přemnoženou zvěří. Z toho důvodu byla jádrová část pralesa ohraničena plotem, který zamezuje vstupu turistů a zvěře a tím chrání mladou generaci stromků.


Na území rezervace se provádí částečná těžba a jen na některých lokalitách zůstal bezzásahový režim. Rezervace patří mezi nejvíce navštěvovaná místa Šumavy, vede skrz ni naučná stezka a několik turistických tras směřujících k rozhledně na vrchu Boubín. Ta je nejvýše položenou dřevěnou rozhlednou v Česku o výšce 21 metrů. Její stavba byla započata v roce 2004 a o rok později v roce 2005 dokončena.

Oblast rezervace je navštěvována převážně z oblasti Kubovy Hutě, odkud vede značená modrá turistická cesta vedoucí přes Basumské louky, na Srní vrch, Boubínský prales, na křižovatku na Křížkách, přes Boubínské jezírko, Amortovku a přes Lom před Soví skálou, kde oblast rezervace opouští a míří do obce Zátoň. Tato obec je dalším častým místem, kudy se do oblasti rezervace taktéž hojně vstupuje.

Východně od rezervace Boubínský prales se nachází přírodní rezervace Milešický prales. Jihozápadně od rezervace se nachází přírodní památka Jilmová skála s výskytem přirozených lesních porostů.