Roku 1636 se v Klatovech usadili jezuité, kteří se snažili převést protestantské obyvatelstvo na katolickou víru. Roku 1656 byly položeny základy jezuitského chrámu, staviteli byli Dominik Orsi a Carlo Lurago. Tři portály v čele kostela jsou dílem Kiliána Ignáce Dienzenhofera. Kostel několikrát vyhořel, do současné podoby byl opraven po požáru v roce 1810.


Kostel Neposkvrněného početí Panny Marie a sv. Ignáce je 49 metrů dlouhý a 28 metrů široký, výška hlavní lodi je 23,4 metru. Kostel je na půdorysu latinského kříže,s dvěma věžemi v hlavním východním průčelí ukončeném štítem a členěném římsami s pilastry. Portál je z doby kolem 1720 podle plánů Kiliána Ignáce Dienzenhofera. Sochařská výzdoba průčelí je z roku 1734 od sochaře ze Stříbra, socha Panny Marie ve štítu z roku 1763.  Prostor lodi s postranními kaplemi,emporami a kruchtou sklenutou valenou klenbou s pásy a lunetami, nad křížením kupole. Štuková výzdoba z 1. třetiny 18.století V kněžišti nástropní freska Oslavení Panny Marie, v ramenech příčné lodi fresky zpodobňující sv. Ignáce uzdravujícího nemocné a sv. Františka Xaverského, který káže Indům, v kupoli iluzivní malovaná architektura, vše z roku 1716.  


Malovaný iluzivní oltář od J. Hiebla z 1et 1716-17. V bočních kaplích je celkem 10 portálových oltářů s bohatým zalamovaným kládím, tordovanými sloupy a páskovým ornamentem; oltářní výzdoba vznikla asi v 1etech 1720—30 dílem několika jezuitskýchř a řádových truhlářů a řezbářů. Oltářní obrazy jsou od I. Raaba, F. X. Pálka, obraz sv. Antonína Páduánského od J. Heinsche z roku 1700, obraz Piety od J. P. Molitora. Zpovědnice je zdobená intarzií a lavice jsou od M. Kollera z roku 1720.


Pod kostelem jsou rozsáhlé katakomby, do nichž byli pochováváni v letech 1674-1783 řádoví bratři a šlechta sympatizující s jezuity. Těla zemřelých byla konzervována působením zvláštního systému větracích kanálů.


Na spáleništi 12 domů pod Černou věží byla v letech 1675 - 1679 a 1689 - 1717 postavena jezuitská kolej. Působil zde např. Bohuslav Balbín, který zde napsal slavné dílo 'Obrana jazyka slovanského' namířené proti odrodilcům a zrádcům českého národa. Po zrušení řádu v roce 1773 byla kolej přeměněna na kasárna. V současné době jsou v budově kanceláře městského úřadu a sídlí zde i městská knihovna.