Českodubská johanitská komenda (tj. opevněný „klášter“ rytířsko-špitálního řádu sv. Jana Jeruzalémského) byla spolu s přilehlou tržní osadou založena roku 1237 významným českým velmožem Havlem z Lemberka a jeho manželkou sv. Zdislavou. Stalo se tak za vlády českého krále Václava I., který se rozhodl zajistit bezpečnost jedné z významných dálkových obchodních stezek, vedoucí z Prahy přes dnešní Český Dub na Žitavsko, výstavbou systematického sledu komend rytířsko-špitálního řádu johanitů. Tento řád měl, vedle své ryze náboženské složky, za povinnost vojensky chránit svěřené území a zároveň zajišťovat špitálnické služby poutníkům. Z důvodů bezpečnosti byly komendy stavěny podél stezky ve vzdálenostech odpovídajících jednodenní pouti obchodníků.


O dobovém významu johanitské komendy v Českém Dubu svědčí fakt, že jej v roce 1357 poctil svojí návštěvou i císař Svaté říše římské a český král Karel IV.  Českodubská komenda však postupně ztrácela na významu a její existence definitivně skončila za husitských válek, když v roce 1425 lokalitu vypálili husitští sirotci. V 16. století byl na místě bývalé komendy vystavěn renesanční zámek a po jeho devastaci požárem v roce 1858 měšťanský dům.


Až do počátku devadesátých let 20. století se předpokládalo, že budovy českodubské komendy zanikly beze stopy již v husitských válkách. Stavebně-historický průzkum objektů na místě  původního zámku, který od roku 1991 provádělo Podještědské muzeum v čele s PhDr. Tomášem Edelem, však přinesl překvapivý výsledek. V roce 1991 došlo ke znovuobjevení „zazděné“ komendy (viz kniha T. Edel: Příběh ztraceného kláštera blahoslavené Zdislavy, Praha 1993).


V letech 1991-1993 probíhaly průzkumné a obnovovací práce a v roce 1993 byla komenda zpřístupněna veřejnosti. Dnes tvoří samostatnou expozici Podještědského muzea.


Johanitská komenda - podzemní prostory. Turisticky nejatraktivnější část komendy představuje velký vstupní románsko-gotický sál klenutý třemi křížovými klenbami a románská kaple sv. Jana Křtitele, která je jednou z nejstarších dochovaných staveb na severu Čech (z doby kolem roku 1240). Veřejnosti přístupný je rovněž menší sál konventu ze 40. let 13. století a část pozdně gotickým podzemních prostor s navazující 80 m dlouhou únikovou chodbou (veřejnosti není přístupná).  


Románská kaple sv. Jana Křtitele, na jejíž stěnách se dochovaly původní konsekrační kříže, byla po stavební obnově v roce 2001 znovu vysvěcena a nadále slouží mj. i liturgickým účelům. V kryptě pod kaplí je v symbolické tumbě pietně uloženo několik desítek lidských ostatků, pravděpodobně johanitských řeholníků, nalezených při archeologických výkopech v rajském dvoře.