Na chóru jsou rokokové varhany s andělskou kapelou, přenesené sem z pražského kostela sv. Karla Boromejského. Klasicistní zařízení pochází z konce 18. století; hlavní oltář s plastickou výzdobou od I. M. Platzera je z roku 1792, na postranních oltářích pracoval sochař Antonín Max ze Sloupu (r. 1793), který je též tvůrcem kazatelny. Obraz Krista je kopií originálu z chrámu sv. Petra v Římě, pořízenou Václavem Mánesem. Křtitelnice se sochou sv. Jana Křtitele je z konce 18. století.
Výzdobu doplňují rokokové lavice, 6 skleněných lustrů místní produkce a barevné vitráže v oknech s figurální výzdobou (Jan Křtitel a Madona) od Karla Meltzera ze Skalice. V kostele se nachází starobylý zvon z roku 1607 a slouží dodnes. Za zmínku stojí také socha Panny Marie, kterou nechal vytvořit hostinský a panský purkrabí Václav Grossmann u sochaře Františka Wernera, jako slib Matce Boží, za ušetření jeho vlastního majetku během slezské války ( 1740 – 1742). Socha Immaculaty byla vysvěcena 5. srpna 1745 sloupským duchovním P. Jiřím Wollsteinem. Nejprve socha spočívala na kamenném podstavci z pískovcových kvádrů, prostovlasá, stojící na půlměsíci a zeměkouli. Je nejstarší chráněnou památkou ve městě a za dobu své existence změnila několikrát své stanoviště od původního umístění poblíž dveří, až na dnešní místo za oltářní zdí chrámu.
Podle webu města Nový Bor