Farní kostel musel existovat již na konci 13. století, kdy byla středověká opevněná kruhovitá osada (do této doby kolem farního kostela) rozšířena o prostorné tržiště na půdoryse protáhlého trojúhelníka směrem k západu a o menší tržiště na východě. Je tedy pravděpodobné, že kostel stál uprostřed původní osady na místě dnešního kostela, jehož základy můžeme klást zhruba do poloviny 14. století (v listině z roku 1359 je uváděn kostel Panny Marie ve Slavonicích). Při severní stěně presbytáře tehdy stála sakristie a před západním průčelím byla kaplanka a věž s průchodem na hřbitov – dnešní průchod Panským domem. Hřbitov se rozkládal kolem kostela a při něm byl zřízen i karner, později zaniklý a věž sloužila zároveň i jako zvonice a snad i jako hláska.


Samotný kostel tvoří trojlodní bazilika s presbytářem o dvou polích křížové klenby a pětibokém závěru. Původní zaklenutí presbytáře z doby založení, asi koncem 1. pol. 14. st., má žebra hruškovitého profilu se svorníky s krčkem přecházející v oblé přípory, které původně sahaly až k zemi, na konci 15. nebo začátku 16. století byly osekány po úroveň podokenní římsy. V jižní stěně presbytáře trojdílné mělké sedile, presbytář oddělen od lodi mohutným triumfálním obloukem. Asi krátce po polovině 14. století byly vystavěny i boční lodi, včetně východní kaple Panny Marie s pětibokým závěrem, v jejímž klenutí nacházíme opět štítové oblouky (na svorníku erb Bílkovských z Bílkova), kde se zachovaly nástěnné malby z této etapy s obrazy nástrojů Kristova umučení a čtyři postavy světců v arkádách. Hlavní loď kostela zůstala zřejmě jen zakrytá plochým trámovým stropem, ale západní průčelí kostela ještě před koncem 14. století získalo velký štít, členěný panelováním, jehož předlohou byly obdobné štíty jindřichohradeckých kostelů.


Někdy po polovině 15. století vznikla druhá vrstva nástěnných maleb v jižní kapli, s novozákonními scénami (fragmenty Zvěstování, Nesení kříže, Zmrtvýchvstání) a rozvilinová dekorace klenby. Původní vchod byl prolomen do střední lodi a kamenný portál později přenesen k severní boční lodi – portál nese znaky pozdního slohu (oblé hruškovité pruty vybíhají plynule z podnože a vytvářejí vysoký lomený oblouk široce rozevřený a dosti plošný, tympanon portálu byl vyměněn při jeho novém osazení na začátku 16. století). Koncem 15. století byla zaklenuta i střední loď kostela čtyřmi poli křížové žebrové klenby a osazení jižního portálu 1521 znamená definitivní dokončení gotické stavby kostela. Roku 1503 byla založena při kostele na místě původní sakristie městská věž.


Nástěnná malba při triumfálním oblouku „Caritas“ asi ze druhé poloviny 16. století. Ve druhé polovině 17. století byla vložena kruchta. Počátkem 18. století přistavěny barokní kaple sv. Antonína a Panny Marie Bolestné po stranách trojlodí. Původní okna presbytáře (roku 1500 provedl mistr Štěpán) zbavena kružeb počátkem 19. století, úpravy z počátku 20. století a novodobé úpravy.


Na hlavním oltáři je socha Ukřižovaného Krista z roku 1512 – realisticky pojatá expresivní řezba těla je doplněna dynamicky vzdutou drapérií. Na konzolách v presbytáři a hlavní lodi je čtrnáct barokních plastik apoštolů a evangelistů (nejstarší plastika sv. Jana, Ježíše Krista a Panny Marie z poloviny 15. století), při triumfálním oblouku socha Madony s děckem (původně ze zámecké kaple v Maříži) z 15. století. Na přelomu 15. a 16. století vznikla plastika Piety, reprezentující tzv. horizontální typ, kdy Panna Marie drží na klíně tělo ukřižovaného Krista. Zevně při vstupu do kostela zasazen při zdi náhrobník pastora Jakuba Peregrina z roku 1578.