Jednolodní budova kostela má poměrně složitou hmotovou skladbu. Sestává z plochostropé lodi se stejně širokou západní věží, transeptu o obdélném křížení a ramenech přibližně kvadratického půdorysu, jejichž výškové vyvinutí však nedosahuje úrovně hlavní římsy lodi a jí šířkově i výškově odpovídajícího presbytáře. Ten je zakončen závěrem o třech stranách osmiúhelníka s jednou odstupněnými opěráky na hranách. Na východě k závěru přiléhá nízký obdélný přístavek sakristie. Na západní straně ramen transeptu jsou do koutů mezi nimi a lodí vloženy patrové přístavky s emporami, jejichž šířka i výška odpovídározměrům ramen transeptu.
Transept a presbytář jsou sklenuty křížově do žeber klínového profilu s výžlabkem. Žebra vybíhají přímo, s výjimkou jediné dvojice polygonálních konzol na rozhraní klenebních polí presbytáře a závěru. Střecha lodi, krytá prejzy, bez odstupnění přecházející na presbytář, je na východě zakončena závěru odpovídající valbou.
V půdním prostoru je poměrně složitá situace po obou stranách lodi. Koruny jejího zdiva vrcholí na vnější straně kamennou fabionovou římsou (tvořenou deskou a výžlabkem) z rozměrných žulových bloků. Přiléhající zdivo západního průčelí ramen transeptu je sníženo a římsa odsekána. Na severní straně je však zřetelné, že se zde pravoúhle zalamovala. Věž v západním průčelí kostela je tvořena mohutným hranolem na lichoběžníkové základně, která zaujímá celou šíři budovy.
Podle : J. Varhaník, J. Adámek, Kostel Narození P. Marie v Kostelci nad Vltavou, Průzkumy památek II/2000