Celý klášterní komplex včetně kostela byl zničen na počátku husitských válek 20.8.1419. K obnově kláštera došlo přibližně kolem roku 1629. Do té doby stála v místech kostela solnice, ze které se zachovalo do náměstí obrácené renesanční průčelí. V letech 1741-42 byl v prostorách kláštera zřízen vojenský lazaret. Klášter byl za josefinských reforem zrušen, ale kostel zůstal zachován. Byly v něm konány bohoslužby pro trestance, vojáky i pro studenty gymnázia. Roku 1906 byl svěřen do péče Kongregace bratří Nejsvětější Svátosti, která jej spravovala do roku 1950 a po přerušení své práce komunistickým režimem se v roce 1990 Kongregace vrátila zpět a spravuje jej do dnešních dní.
Stávající kostel je jednolodní raně barokní stavba přibližně ze 30.let 17.století. Stěny jsou členěny pilastry, klenba je valená s lunetovými výsečemi. Předsíň je sklenuta křížovou klenbou. V roce 1716 byl kostel zvětšen o příčnou loď a dnešní presbytérium.
Ve stejné době byl hlavní oltář přenesen na současné místo a kostel tak získal netradiční orientaci k západu. V 80.letech 17.století bylo započato se stavbou věže a ta byla zvýšena v 19.století ještě o jedno patro.
Podle : Adámek Jan, Písecké katolické kostely