Před polovinou 14. století byla z iniciativy pražského arcibiskupa Arnošta z Pardubic zahájena výstavba nové trojlodní baziliky s dvojvěžovým západním průčelím. První stavební fáze spočívala ve vybudování protáhlého polygonálního presbytáře se třemi poli žebrových kleneb na válcových konzolových příporách, který se připojil k jižnímu boku původní svatyně, přeměněné na sakristii. Ještě za života Arnošta z Pardubic bylo založeno bazilikální trojlodí, rozdělené třemi páry hrotitých mezilodních arkád na osmibokých pilířích. Výstavba lodi se protáhla až do období Jana z Jenštejna, za něhož bylo dokončeno v letech 1397 - 1402 západní dvouvěžové průčelí. Na dokončení stavby kostela se podílela arrasovská stavební huť, která v té době na Kolínsku působila.
V roce 1421 kostel výrazně poškodil požár založený husity, následně byl kostel pozdně goticky opraven do roku 1500. Další oprava proběhla v roce 1613 v renesančním stylu, pod vedením blíže neznámého českobrodského stavitele Honse Vayse. Během této opravy bylo nově zaklenuto trojlodí, jinak ale byla ještě respektována původní gotická trojlodní stavba s dvouvěžovým průčelím, která byla setřena až při pronikavé barokní přestavbě v letech 1765 - 1772 pod vedením Jana Josefa Wircha. Při barokní přestavbě byly mimo jiné sneseny gotické věže do výšky lodi a bylo vybudováno nové renesanční průčelí s jednou věží nad jeho středem, které jako kulisa zakrývá původní gotické průčelí. Kostel byl dále upraven v roce 1912 podle plánů architekta Fr. Mikše, v roce 1935 a naposledy v letech 1992 - 1994.
Vnitřní zařízení kostela je převážně barokní, hlavní oltář je rokokový panelový z roku 1781 podle návrhu Františka Ignáce Platzera se sochami sv.Petra a Pavla, v bočních lodích jsou oltáře Panny Marie Zellské z konce 18.století a oltář Nejsvětější Trojice, portálový, sloupový z doby kolem roku 1740 s postranními sochami sv.Floriána a sv.Vavřince.
Podle : Poche E. a kol., Umělecké památky Čech 1
Líbal Dobroslav, Katalog gotické architektury v České republice do husitských válek