Kostel byl založen v druhé polovině 13. století biskupem Tobiášem z Bechyně. Původním patronem kostela byl sv. Christofor, ochránce brodů a cest, v roce 1569 byl kostel rozšířen a zasvěcen sv. Jakubu Většímu. Další úpravy byly provedeny v roce  1702. Směrem k náměstí byla přistavěna kaple sv. Barbory a v jejím podzemí krypta pro významné hodnostáře města a během válek o rakouské dědictví také vojenských důstojníků.


Na kruchtu byly instalovány roku 1717 barokní varhany, přestavěné r. 1777. Jedná se o jeden z nejzachovalejších barokních nástrojů v Čechách. Velké úpravy proběhly po roce 1753 na popud císařovny Marie Terezie, která jej navštívila. Kostel byl barokizován, byla rozšířena kostelní loď a přistavěna věž se zvonicí. V roce 1759 získal chrám další boční kapli sv. Josefa. Radikální úpravy kostela skončily r. 1763. Na hlavní průčelí byly umístěny sochy sv. Josefa, Jakuba a Barbory.


V interiéru chrámu je dochován původní barokní mobiliář, hlavní oltářní obraz je dílem jezuitského malíře Ignáce Raaba, jeho řádový bratr Süsmayer je autorem křtitelnice se zajímavými plastikami Marnotratného syna a Máří Magdalény, kazatelny a další výzdoby interiéru. Před vstupem do sakristie je dochována původní freska z období kolem poloviny 16. století, představující Umučení Páně spolu se znaky rodu Čabelických a rytířů z Úšavy. Pod freskou byl původně umístěn vchod do rodinné hrobky Čábelických s tesaným kamenným náhrobkem, dnes přemístěným vpravo pod kruchtu.


Jediným pozůstatkem hřbitova je část terasové zdi pod kostelem. Sochy u schodiště představují sv. Františka Xaverského s klečícím černochem a sv. Norberta. Socha Imaculaty před kaplí sv. Barbory strážila původně hřbitovní vchod. V průběhu pozdějších let byl kostel několikrát renovován, k radikálnějším změnám jeho podoby již nedošlo.