Obec Přepeře leží na pravém břehu Jizery jihozápadně od Turnova. Kostel sv.Jakuba  tvoří síňové dvoulodí, které vzbuzuje dojem nedostavěné trojlodní haly. Má obdélný, polygonálně uzavřený presbytář s obdélnou sakristí po severním boku. Na sakristii se nachází tesaný alianční znak Valdštejnů s letopočtem 1545. V západním průčelí kostela je hranolová věž. Kostel má severní předsíň a kolem kostela jsou opěráky. V presbytáři jsou hrotitá okna s původními kružbami.


Dvoulodí je rozděleno čtyřmi válcovými pilíři na širší jižní loď a severní užší loď. Obě lodě jsou sklenuty žebrovými kříži, které vybíhají bez podpěr. Na desce pod cípy žeber mezi okny jižní lodi je letopočet 1551. Kruchta je novogotická a spočívá na čtyřech sloupech. Triumfální oblouk je hrotitý. Presbytář má v klenbě jedno pole žebrové křížové klenby. Závěr je sklenut parsčitým žebrovím. Výběh žebra je proložen reliéfními deskami, které jsou polychromované a představují portréty. Do sakristie vede sedlový profilovaný portál. Sakristie a depozitář, a rovněž oratoř na ním, je otevřená obloukem do presbytáře. Tyto prostory jsou sklenuty valeně.


Zařízení kostela je ze 16.-19. století. Hlavní oltář je barokní, portálový a sloupkový s akantovými křídly. Pochází z počátku 18. století. Jsou na něm obrazy sv. Jakuba a sv. Kateřiny od L. F. Bernarda z roku 1872 a nové sochy, oproti vzniku oltáře, nacházející se na portálech s perspektivními špaletami. Boční oltáře jsou dva. Jedná se o barokní, sloupové, portálové, dvoupatrové oltáře, obtočené rozvilinami. Pocházejí z konce 17. století. Na levém oltáři je obraz sv. Barbory z roku 1879, který je rovněž dílem L. F. Bernarda. Na pravém oltáři je socha sv. Kryštofa.


Renesanční kazatelna, která byla raně barokně upravená nese reliéfy emblémů čtyř evangelistů a sochu Dobrého pastýře. Křtitelnice je raně barokní z konce 17. století. Jsou na ní tesané andílčí hlavy a rozviliny.


V kostele je také rozvilinový rám z období kolem roku 1700 s obrazem Čtrnácti sv. pomocníků. Dřevěný pozdně gotický krucifix pochází z počátku 16. století. Dveře severní předsíně jsou barokní. Mají řezané rozvilinové výplně z období kolem roku 1700.