Kostel sv. Jana Křtitele stojí na severozápadní straně náměstí Bedřicha Hrozného. Jeho 55 metrů vysoká věž je dobře viditelná ze všech příjezdových cest. Stavba kostela, podle návrhů F. M. Kaňky, se datuje k roku 1719. Pak pro nedostatek peněz stavba vázla a v roce 1722, kdy byl kostel postaven do výše k mohutné ústupkové římse v 1. patře, hrabě Špork Lysou prodává Czernínům. Panství kupuje zpět až v roce 1734 a stavba kostela pokračuje. Stavbu prováděl podle návrhů A. Luraga zednický mistr Hebek z Lysé. Kostel byl dostavěn v r. 1740 a v r. 1741 byl slavnostně vysvěcen biskupem Janem Rudolfem hrabětem Šporkem.


Kostel je obdélný, jednolodní, na jižní straně s centrálním konkávním rizalitem. Fasáda je členěna pilastry a lizénami, okna jsou segmentovitě zakončena. V přízemí, ve středu konkávního rizalitu, jsou vstupní dveře, které jsou ploše šambránovitě orámované. Nad nimi je přímá ústupková římsa.


Západní průčelí kostela rozdělují patrové římsy na tři části. Uprostřed nejnižší je pravoúhlý portál s jednoduchým šambránovým zámkem a vstupními dveřmi. Nad portálem je segmentovitě zklenuté okno. Štít, tvořící vrchol západního průčelí, je hladký, po obou stranách jsou mohutná volutová křídla. Štít je zakončený trojúhelníkovým frontonem, na jeho vrcholu je kamenné srdce.


Severní průčelí kostela je členěno stejně jako průčelí jižní, ale není tak bohatě zdobené. K severnímu průčelí byla přistavena sakristie s oratoří. Středový rizalit je zdoben aliančním Sweerts – Sporckovským erbem.


Východní průčelí ze dvou třetin zakrývá čtyřboká kostelní věž s velkým železným dvoumetrovým křížem sem přeneseným v r. 1740 ze starého kostela. Střecha kostela je sedlová, kryta břidlicí. Na hřebeni střechy, nad presbytářem, je plechová sanktusová věžička.


Kolem kostela je postavena ohradní zeď. Nesleduje však kontury kostela, jak tomu bylo v baroku zvykem, ale vytváří s nimi kontrast, a tak ještě zvyšuje a dotváří celkový účinný dojem. Efekt ohradní zdi je ve zpracování nárožních pilířů. V západním rohu se co nejvíce přibližuje západnímu průčelí kostela, pak se zeď  konkávně i konvexně prohýbá a v části nejblíže chrámu se otevírá branou. Ve své východní části se zeď s klesajícím terénem neustále zvyšuje. Sochy, které jsou osazeny na ohradní zdi, ještě více zdůrazňují optické působení. Při jejich osazování bylo počítáno s tím, že sochy budou vytvářet určité prostorotvorné iluze. Křehčí z nich co nejblíže kostelu, mohutnější dále od kostela,  menší sochy na nejzazší podstavce zdi. Je ale také možné počítat s teorií, že nejblíže chrámové lodi byli osazeni církevní otcové, pak evangelisté, dva andělé a nakonec zbývající sochy.


Prokazatelné autorství 13 soch můžeme doložit pouze u šesti z nich: čtyři evangelisté Marek, Matouš, Lukáš, Jan a Anděl strážce, jsou z dílny Františka Adámka z Benátek. Pak u církevního otce sv. Jeronýma od M. B. Brauna. Jeroným byl do Lysé převezen ze stejnojmenné eremitáže. Je to mistrovská práce sochaře, který v pískovci zachytil duševní extázi člověka, který usiluje odpoutat se od všeho lidského. Jeroným je zobrazen jako rozkročený, šlachovitý stařec s lebkou v ruce, ztělesňuje vizionářský typ. Plášť, který mu sklouzl z ramen, mělce objímá boky a padá k zemi ve vlnitých záhybech.

Zbývající tři církevní otcové a archanděl Michael  jsou připisovány M. B. Braunovi, ale doklad o tom není. Socha sv. Antonína je připisována Janu Brokofovi a sv. František pak Antonínu Braunovi.

Augustiniánský klášter v Lysé nad Labem se vypíná na nejjižnější části zámeckého vrchu

Estetický zážitek doplňuje i železná vstupní brána. Je rozdělena na dvě křídla. Kresba zdobení je souměrná, složená ze svislých příček a spirál. Pruty jsou na koncích roztepané do listových motivů, karikatur andělů, dráčků a satanášů. Nástavce křídel brány tvoří proplétané spirálovitě  stočené pruty, které se rozvíjejí do postav 2 andělů. Uprostřed brána, která je dílem místního zámečníka Libiše, vrcholí křížem.


Interiér kostela pochází z období přechodu vrcholného baroka v rokoko. Presbytář je zklenut dvěma křížovými poli, chrámová loď českou plackou, kruchta je nesena valenou klenbou. Chrámový mobiliář je dobový. Sochy pocházejí z dílny Františka Adámka z Benátek. Hlavní oltářní obraz je dílem pražského malíře Jindřicha Schlegela. Cínová křtitelnice z r. 1668 byla přenesena ze starého kostela. Do severní kostelní zdi je vsazen epitaf generála hraběte Jana Šporka. Je zhotoveno z červeného mramoru, vysoké 4,6m a nese Šporkovu postavu v brnění. Zvláštní pozornost zasluhují unikátní varhany z r. 1774 s mistrovskou výzdobou – orchestrální kapelou, v níž drobní putti hrají na dobové nástroje. Zhotovila je v r. 1777 pražská platzerovská dílna.