Interiér kostela tvoří převážně barokní zařízení. Na hlavním oltáři je umístěn obraz Křest Kristův, namalovaný Petrem Brandlem. Jeho dílem jsou i obrazy nad postranními oltáři - sv. Anna s Pannou Marií a sv. Antonín Paduánský. Na severní straně presbytáře, nad vchodem do sakristie, visí obraz Ukřižovaný od Emanuela Dítěte z roku 1885. Na pilíři vítězného oblouku je zavěšen krucifix v životní velikosti od Josefa Herschera.
Při bočních stěnách lodi naproti sobě stojí oltáře s obrazy Přátelství Kristovo a Ukřižovaný od Jana Františka Händela, prvního místního děkana. V zasklených rakvích na bočních oltářích jsou uloženy ostatky svaté Innocencie a Justiny, které v roce 1722 od papežů Klementa XI. a Innocence XIII. z římských katakomb získala Marie Gabriela Lažanská. Ta odkázala kostelu řadu dalších ostatků svatých (např. sv. Antonína Paduánského, sv. Jana Křtitele, sv. Jáchyma, sv. Terezie), umístěných v relikviářích pod rakvemi.
Zámek v Manětíně je barokní perla západních Čech
Výklenek v jižní stěně kostela zaplňuje malý oltář s obrázkem Panny Marie loretánské, který si přivezl místní farář Václav Aleš Plešner, když doprovázel rodinu Lažanských na cestě do Říma a Loreta.Dřevěná nepodklenutá kruchta podpíraná dvěma mohutnými anděly (od Štěpána Borovce) nese varhany z dílny Leopolda Burkhardta z Lokte.
Podle : Kol., Umělecké památky Čech K/O,2.svazek