Uprostřed  hřbitova  vedle premonstrátského kláštera v Milevsku se nachází původně románský kostel sv. Jiljí. V románské podobě se jednalo o jednolodní stavbu s východním pravoúhlým závěrem o celkových rozměrech 19,7 m x 9 m. Na objekt navazovala věžovitá, dodnes zachovaná stavba s emporou v 1. patře. Tato empora byla přístupná po schodišti v síle zdiva.

Půdorys kostela podle Václava Kotrby

Podle archeologického výzkumu A. Hejny a stavebně historického průzkumu Dobroslava Líbala lze původní románský kostel datovat do poslední třetiny 12. století. Od svého vzniku do založení premonstrátského kláštera sloužil jako vlastnický kostel šlechtice Jiřího z Milevska. Tomu nasvědčuje i empora (tribuna) ve věžovité stavbě, ze které velmož se svojí rodinou sledoval bohoslužby. Podle podobných případů z celých Čech stávaly vlastnické kostely v areálu velmožského sídla, a proto se dá předpokládat, že sídlo Jiřího z Milevska stálo poblíž kostela. Po založení premonstrátského kláštera začal kostel sv. Jiljí plnit funkci farního kostela, zatímco chrám Panny Marie v klášterním areálu sloužil jenom potřebám premonstrátů.


Kolem roku 1400 byl  románský jednolodní kostel výrazně goticky přestavěn. Při této přestavbě byla velká část původního románského kostela zbourána. Z původní románské stavby zůstala stát jen část severní zdi a zvonice. V presbyteriu se nachází architektonicky velmi unikátní zajímavá, gotická síťovaná klenba tzv. milevského typu, s později domalovanými renesančními nápisy a erby, vztahujícími se k rodu Hodějovských z Hodějova a původní gotický krov. O významu tohoto architektonického článku svědčí i smlouva z roku 1407 o výstavbě klenby v kostele svatého Víta v Českém Krumlově podle milevského vzoru. Samotná loď je plochostropá s původními trámy dendrochronologicky datovanými do let 1445/1446.


Od roku 1785, kdy  byla funkce farního kostela přenesena do chrámu Panny Marie a začal kostel postupně chátrat. Z bezpečnostních důvodů byl uzavřen až do roku 1883, kdy se o jeho obnovu přičinil strahovský opat Zikmund Antonín Starý.Z nejstarší fáze je dodnes zachována takzvaná zvonice v západní části kostela. Kamenná věž má obdélníkový půdorys a je ze žulových kvádrů. V horní části jsou patrné dvě řady románských okének se sloupky.


V současnosti slouží kostel jako smuteční síň. K tomuto účelu byl v 80. letech 20. století rozsáhle upraven. Při této příležitosti proběhl také archeologický výzkum A. Hejny. Vchod do chrámu je z jižní strany, vysokým, zaklenutým vstupem. Vlastní kostel měří na délku přes 23 metrů, šíře je přes 11 metrů a výška je 15,5 metrů.

Kostel je vedený v Seznamu kulturních památek v okrese Písek.