Nynější kostel byl postaven v pozdně gotickém slohu v letech 1487-1507, o čemž svědčí několik letopočtů dochovaných porůznu v kostelní lodi. Některé práce se dokončovaly až do roku 1514. Velká část kostela je dílem slavné rožmberské stavební huti a jejího stavitele Hanse Götzingera. Jeho jméno je uvedeno uprostřed na klenbě lodi. Kostel byl v průběhu času běžně opravován. Při restaurátorských pracích byla nad Vítězným obloukem objevena rozměrná nástěnná malba, zobrazující Poslední soud. Jejím autorem byl v roce 1514 mistr Jakub Pecka, jak je u malby uvedeno. Byly odkryty i další nástěnné malby v okolí prvního klenebního svorníku v lodi, který má podobu trnové koruny. V blízkosti svorníku je rodový znak pánů z Rožmberka pětilistá růže.
Kostelní loď má kombinovanou síťovou a hvězdicovou klenbu předhusitského typu, je ovšem ale z pozdější doby. Až na menší dobové úpravy se loď dochovala v původní podobě. Krátká navzájem se přesekávající žebra v klenbě lodi tvoří obrazce šesticípých hvězd. Dvojnásob žlábkovaná žebra se opírají o bohatě členěné přípory, které se sbíhají do tří otevřených svorníků. Dva z nich jsou roubeny stylizovanou trnovou korunou. Přípory u hudebního kůru jsou zdobeny růžicí. Dvě vysoká okna na severní straně lodi nemají kružbu, další dvě okna na jižní straně jsou trojdílná a jsou vybavena původními pozdně gotickými kružbami. Na opěrných pilířích i jinde v lodi se dochovaly četné kamenické značky. Hudební kůr spočívá na dvou zděných sloupech a jeho druhé patro, zřízené v roce 1846, na sloupech litinových. Varhany na kůru byly postaveny v roce 1672. Z jižní strany kostela je v hlavním vchodu vysoký bohatě profilovaný sedlový portál s hrotitým tympanonem a rovným nadpražím. V kružbě tympanonu je štít s preclíkem jako znakem pekařského cechu, který se pravděpodobně angažoval při stavbě kostela. Vlevo od jižního vchodu jsou nízké dveře vedoucí do sklípku. Mají krásné, bohatě profilované ostění. Severní vchod do kostela má hluboce členěnou a růžicí zakončenou bránu s postranními fiálami. Kdysi tvořila vchod na původní hřbitov u kostela a v roce 1847 byla přenesena na nynější místo.
Presbytář kostela má tvar osmihranu a je sklenut síťovou klenbou hvězdicového vzoru. V klenbě nad oltářem je letopočet 1494, od něhož se dříve odvíjelo stáří kostela. Žlábková žebra klenby se podobně jako v kostelní lodi opírají o hluboce profilované přípory, sahající až k dlažbě. V polovině jsou přehraženy okapní římsou, sbíhající se do svorníků zdobených růžicí. Barevná okna v presbytáři byla pořízena roku 1894 na památku 400. výročí trvání kostela. Na severní straně presbytáře je nástěnná malba dvanácti apoštolů z doby kolem roku 1500. Na kazatelně jsou sochy Panny Marie s Ježíškem a sv. Dominika a alegorické sochy Víra, Naděje a Láska. Z presbytáře se vchází do sakristie. Portál u ní má bohatě profilované ostění s letopočetem 1489, dvě podkovy a na štítu pětilistou růži. Nad presbytářem je sanktusní vížka s jehlancovitou střechou z roku 1887.
Při severní stěně kostela postavilo Růžencové bratrstvo v roce 1760 Mariánskou kapli. Je to pěkná stavbička kruhového půdorysu, sklenutá do nízké kopule s lucernou. V kopuli je freska představující Pannu Marii jako ochránkyni světských a duchovních stavů. Na oltáři je obraz P. Marie s Ježíškem, kterému se klanějí sv. Dominik a sv. Kateřina Sienská. Na stěnách jsou fresky od frátera Lukáše Plankla ze zlatokorunského kláštera, znázorňující svaté Tři krále a Útěk svaté rodiny do Egypta. Nástěnné malby i ostatní výtvarná díla v kapli byly restaurovány v roce 1998. V kartuších na stěnách je namalováno 15 tajemství růžence. Vchod do kaple je zdoben pilastry. Nad vchodem je v tympanonu nástěnná malba Zvěstování P. Marie a v kartuši blíže neznámý znak.
V kostele jsou nyní tři oltáře. Hlavní oltář v presbytáři sahá až do klenby a byl sem dodán v roce 1688 z Českého Krumlova. Autorem je řezbář Martin Lindenmayer. V roce 1862 byl starý oltářní obraz Sv. Maří Magdaleny nahrazen novým od A. Lhoty. Také sochy sv. Petra a Pavla byly vyměněny za nové (autor E. Wessely). V horní části oltáře jsou obrazy Korunování P. Marie a sv. Anny s Marií, u nichž po stranách a nahoře stojí sochy sv. Josefa, sv. Barbory a sv. Kateřiny a sv. Michala. Staré sochy sv. Petra a Pavla stojí při stěně. K oltáři patřilo pět obrazů, které se obměňovaly v různých dobách církevního roku.
Další oltáře: Na evangelijní straně v lodi je malý oltář sv. Linharta a na epištolní straně oltář s obrazem Nanebevzetí Panny Marie. Obraz je to starý, ale je přemalovaný. Nad ním je obraz Svaté Trojice a po stranách stojí sochy sv. Šebestiána a sv. Rocha. Výše stojí sochy sv. Maří Magdalény a sv. Barbory a nad oltářem socha sv. Michala. Býval to oltář cechu tkalců. Křtitelnice je z konce 17. století.
Na venkovním průčelí budovy je arkýř s dvěma otvory na třech konzolách. Nese letopočet 1507. Účel arkýře není přesně znám. Snad sloužil při stavbě horních partií kostela. Na severní straně lodi je nízká vížka s hodinami, zřízená roku 1887.
Zvonů bylo před první válkou v kostele několik, ale některé byly roztaveny. Ve věži zůstal velký zvon k poctě sv. Maří Magdalény z roku 1762 a menší ulitý mistrem Václavem z Vodňan roku 1472. Pochází zřejmě ze staršího kostela. Má relief Krista s Pannou Marií a sv. Janem.
Podle : Kol, Umělecké památky Čech A/J,1.svazek
web obce Chvalšiny