Kostel stojí na místě zaniklé vsi Loukov a v jeho blízkosti se kdysi nacházel statek, jehož majitel Naček z Lúkého byl spolu se svou rodinou donátorem kostela. V interiéru se dochovaly gotické nástěnné malby.


Prvně se s kostelem sv. Markéty setkáváme opět v roce 1352, kdy je v rejstřících papežských desátků zmíněna i dnes již zaniklá ves Loukov. Původní stavba vznikla před polovinou 14. století (i když se nevylučuje i existence starší stavby v témže místě), krov sedlové střechy však pochází až z druhé poloviny 15. století. Teprve ve druhé polovině 17. století byla přistavěna ke kostelu věž čtvercového půdorysu.


Kostel má obdélnou plochostropou lod' a užší, obdélné, polygonálně uzavřené presbyterium s žebrovou křížovou klenbou. Jedná se o jednolodní stavbu s převahou středověkých, vrcholně gotických forem. K severní stěně přiléhá drobná sakristie, zaklenutá plackou.  V 17. století byla přistavěna věž a provedeny drobné změny v interiéru.


V interiéru kostela se dochovaly vzácné nástěnné malby ze 14. století, odkryté v roce 1941 a do roku 1944 restaurované. Malby, datované do posledních desetiletí 14. století, tvoří podivuhodný ikonografický celek. Nalezneme zde scény Poslední večeře, Umučení deseti tisíc rytířů, scény ze života a mučednickou smrt sv. Markéty i vyobrazení Kaina s Ábelem nebo Pietu - oplakávání Krista. Na kostele i okolí probíhá od devadesátých let 20. století obnova.


Na severní stěně lodi pod kruchtou se nachází malý devoční obraz sv. Matěje, o kus dál směrem na východ rozsáhlý obraz sv. Kryštofa a fragment s námětem Oplakávání Krista. Východní stěnu lodi při vítězném oblouku pokrývá na evangelijní straně několik nad sebe řazených pásů s výjevy Ukřižování, Poslední večeře Páně, Piety a Oběti Kaina a Ábela. Na epištolní straně je vymalována rozměrná scéna s výjevem Umučení deseti tisíc rytířů a nad ní Boj sv. Jiří s drakem. Severní stěnu presbyteria zdobí překrásný výjev Bolestného Krista s Arma Christi (nástroji umučení). Na zbytku severní a na jižní stěně se rozvíjejí scény z legendy titulární světice sv. Markéty.