Původní stavba kostela sv.Matěje v Bechyni, jejíž vznik byl kladen do konce 13. a začátku 14. století, změnila po několika přestavbách zcela svoji podobu, takže v současné době prezentuje nejvíce slohových prvků z období baroka.


Základ stavby tvoří pozdně gotické síňové dvoulodí s pětiboce zakončeným presbytářem s opěráky, hranolovou věží na severní straně a s obdélnou patrovou oratoří na jižní straně.


Patrně ze 16. století je zachována klenba kněžiště a obvodové zdivo lodi. Presbytář s lomenými okny byl sklenut síťovou klenbou s profilovanými žebry bez konzol. Vně kněžiště zůstaly zachovány čtyři pilíře, v horních partiích již v barokní úpravě. Na presbytář navazuje polokruhovým vítězným obloukem téměř 21m dlouhá loď s lomenými okny v západní a jižní stěně. Roku 1613 byla zaklenuta na tři střední oblé sloupy, spočívající na hranolových patkách. Klenba lodi byla provedena jako křížová hřebínková bez žeber. Přestavbu v letech 1613-1615 prováděl Jan Schütz z Českých Budějovic. Převážnou část nákladů hradil majitel panství Adam ze Šternberka spolu s hejtmanem Ondřejem Holušickým. Vedle klenby byl v tomto období vybudován v západní části lodi kůr, spočívající na šesti vysokých toskánských sloupech s nepravidelnými půlkruhovými arkádami. Zábradlí kůru tvoří balustráda z kuželek. Na severovýchodním rohu chrámu byla přistavěna věž. Tato hranolovitá stavba byla pětipatrová, v horní části prosvětlená okny a vně plasticky zdobená. Ještě ve 20. století bylo ve věži obydlí hlásného. V přízemí věže byla situována sakristie, sklenutá jednoduchou křížovou hřebínkovou klenbou bez žeber. Z období této přestavby se uchovaly na několika místech chrámu i věže nápisy.


K významné přestavbě kostela došlo v roce 1740, kdy byl nad zdmi presbytáře zvednut směrem do náměstí štít, plasticky zdobený, s ponechaným výklenkem pro sochu sv. Matěje. V letech 1741-1743 byla zvýrazněna celá stavba barokní cibulovou, plechem pobitou helmicí.


Historicky zajímavé vnitřní zařízení kostela pochází převážně ze 16.-18. století. Z roku 1555 je to cínová křtitelnice, zdobená figurálními reliéfy. Na konec 16. století je datován hliněný polévaný reliéf s postavou P. Marie, umístěný v sakristii. Z doby kolem r. 1620-1630 pochází obraz Klanění králů, jehož autorem je patrně Cornelius de Vos (autorství dříve nesprávně připisováno P. Brandlovi). Další zařízení, jako hlavní a boční oltáře, sochy apod., pochází převážně z období kolem r. 1740.


Jižně u kostela stojí budova děkanství. Při jejím požáru v roce 1711 byla spálena a znehodnocena část starých zápisů a matrik. V současné době je tato opravená budova součástí západní fronty náměstí.


Díky svojí vysoké a výrazné věži tvoří děkanský kostel sv. Matěje charakteristickou dominantu města Bechyně.