V severní boční lodi je umístěn další pseudogotický oltář, zasvěcený Panně Marii, který pochází z roku 1873 a jeho autorem je pražský řezbář H.Pauer. V jižní lodi stojí rovněž pseudogotický oltář zasvěcený sv. Janu Nepomuckému. Ten zřejmě nahradil starší oltář s barokní svatojánskou sochou, který byl v roce 1856 sestaven ze zbytků starého kostelního zařízení, což dosvědčuje biskup Antonín Podlaha. Nahrazený oltář stojí u západní stěny jižní lodi.
Čeněk Habart uvádí, že před zřícením starého kostela, bylo vystěhováno celé jeho zařízení. Zajímavá je kolekce obrazů, které zdobí interiér dnešního kostela. Je to především dvanáct olejomaleb zachycující portréty apoštolů. Pocházejí z konce 18. století a bývají uváděny do vztahu s malířským okruhem Antona Raphaela Mengse. K pozoruhodným malbám patří i obraz sv. Mikuláše z roku 1792 a vyobrazení útěku do Egypta, vytvořený pod vlivem nazarénského malířství začátku 19.století. Ze starého zařízení kostela pochází také torzo oltáře používané jako součást Božího hrobu a soubor dobře dochovaných cechovních korouhví.
Podle : Sommer Petr, Kostely na Sedlčansku