Tato raně gotická stavba však byla spolu s městem a hradem zničena husity roku 1425 a také při požáru roku 1467, který způsobila vojska Zdeňka ze Šternberka. Byla zahájena výstavba od základu nového kostela a hrubá stavba byla dokončena kolem roku 1590.
Z této doby pocházejí sedlové portály na západní a jižní straně hlavní lodi a též švábská síťová klenba presbyteria, nejdokonalejší v jižních Čechách. Tato první etapa výstavby novohradského kostela patří mezi vrcholná díla pozdně gotické rožmberské stavební huti. Roku 1607 zasáhl kostelní věž blesk. Při následné opravě byla zvýšena o renesanční patro. Roku 1726 pak došlo k poslední výrazné úpravě zevnějšku kostela, kdy byla sesazena poškozená renesanční střecha a byla nahrazena typickou barokní osmistěnnou cibulovou bání s lucernou. Od té doby až do současnosti pak již docházelo pouze k drobným úpravám vnějšího vzhledu kostela.
V interiéru je zachováno ranně barokní zařízení ze 3. čtvrtiny 17. století. Na hlavním oltáři z roku 1678 býval uctíván obrázek Panny Marie Záblatské představující stojící postavu Panny Marie na půlměsíci s Ježíškem na levé ruce. Rytina, kterou zachránil Karel Bonaventura Buquoy roku 1619 z hořícího domu v bitvě u Záblatí, se stala cílem poutníků z celého okolí. Uprostřed presbytáře je deska z červeného mramoru, která kryje rodinnou hrobku rodu Buquoyů. V hlavní lodi kostela se pak nachází ještě hrobka řeholníků řádu servitů z roku 1748.
Podle webu města Nové Hrady