Předchůdcem děkanského kostela sv.Petra a Pavla v Čáslavi byl původně románský kostelík sv. Michala, který dnes tvoří nejstarší částí sakristie z 11.století. Presbytář je raně gotický z 1et 1280—1300. Trojlodí a kaple sv. Anny (pův. Bolestné Panny Marie) je z poloviny 14. století, věž byla  založena asi kolem roku 1400, stavěna až v 1etech 1491-1506. Kostel byl obnoven po požáru roku 1452 a současně rozšířen o přístavek na severní straně, po dalším požáru v roce 1522 následuje pozdně gotická přestavba (roku 1537 - 39), v 1etech 1655 - 60 opraveny klenby kaple sv. Anny a severním přístavku.


Z dalších oprav kostela (v 1etech 1703, 1826, 1841-65) byla významnější Hilbertova regotizace v 1etech 1908—11. Při rekonstrukci kostela v roce 1910 byl v zazděném výklenku učiněn kosterní nález, který bývá považován za ostatky husitského vůdce Jana Žižky. Jedná se mimo jiné o část lebky nazývané čáslavská kalva. O přenesení Žižkových ostatků do Čáslavi se píše ve Starých letopisech českých a závěry antropologických průzkumů čáslavského nálezu odpovídají tomu, co je o slavném hejtmanovi známo. Chybí však přímý důkaz bezpečně dokládající, že se opravdu jedná o ostatky Jana Žižky. Nález je vystaven v Žižkově síni čáslavského městského muzea. Poslední větší oprava proběhla v roce 1942.


Siňové trojlodí s hlubokým pětiboce zakončeným presbytářem, sakristií na severní straně (román, kostelík) a hranolovou věží na jižní straně presbytáře, s obdélnou pětiboce zakončenou kaplí sv. Anny a obdélným přístavkem po celé délce severní boční lodi. Na severní straně kostela je obdélná předsíňka. Z románského kostela je viditelná pouze apsida s hrotitým gotickým okénkem nověji doplněným a severní a východní strana přízemí věže se sdruženýma okénky (rovněž obnovenými). Presbytář trojlodí má opěráky. Úprava fasád je pseudogotická, pouze hlavní římsa obíhající trojlodí a římsa presbytáře je ze 16. století. Okna v presbytáři, lodi a ve věži jsou hrotitá, s novými kružbami, ve třech posledních patrech věže podle návrhu Kamila Hilberta, od něhož je i východní štít kostela.  Portály: západní z roku 1537 (nad portálem deska s nápisem o požáru kostela v roce 1522 a o začátku obnovy v roce 1537), doplněn reliéfem sv. Petra a Pavla od S.Suchardy,(v úpravě K. Hilberta); jižní portál je gotický, s bohatě profilovaným ostěním; severní portál je pseudogotický.


Presbytář sklenut dvěma poli křížové klenby a paprsčitě v závěru na žebrech hruškovitého profilu s „náběžními štítky" při výbězích žeber a svazkovými příporami. svorníky jsou kruhové s reliéfní výzdobou. V severní stěně presbytáře je portál z doby kolem roku 1130 do sakristie — kostela sv. Michala. Kostel je obdélný, s podkovovitou apsidou a věží na západní straně; apsida je sklenuta konchou. Při posledních opravách v roce 1942 bylo odkryto kvádrové zdivo pravoúhle odstupnéného půlkruhového triumfálního oblouku; lod i věž je renesančně upravená. Věž je masivní hranolová, čtyřpatrová; kaple v pod věží sklenuta polem křížové klenby na žebrech hruškového profilu, jedna z konzol je figurální. Kaple je spojena s jižní boční lodí mírně hrotitým bohatě profilovaným portálem, první patro věže je valeně sklenuto.


Triumfální oblouk je mírně hrotitý, neprofilovaný. Sinové stejnolodí je rozděleno třemi páry osmibokých neprofilovaných pilířů ve tři lodi; střední loď je sklenuta síťovou klenbou, boční lodi klenbou křížovou, v prvním a druhém poli jižní boční lodi náznak klenby síťové. Klínová vyžlabená žebra vybíhají při stěnách z konzol zdobených kružbovými motivy nebo renesančními motivy vejcovce, perlovce aj. V závěru jižní boční lodi jsou dvě figurální konzoly, na jedné z nich je letopočet 1538. Kruhové a terčové svorníky jsou s renesanční reliéfní výzdobou. Kruchta je na třech pilířích (na již. letop. 1538), podklenuta ve středním poli obkročnou klenbou s přesekávanými žebry, postranní pole jsou sklenuta klenbami křížovými, klínovitá, dvakrát vyžlabená žebra vybíhají z konzol, zdobených perlovcem. Poprsnice kruchty je zdobena kružbovými a rostlinnými motivy.


Kaple sv. Anny je sklenuta dvěma poli křížové hřebínkové klenby a paprsčitě v závěru, na hranách štuk. výzdoba (konzoly s motivem perlovce zakončeny andílčími křidélky), kaple je  spojena v jihozápádní části hrotitým obloukem s trojlodím. Obdélný severní přístavek (loď) je  sklenut třemi poli křížové hřebínkové klenby, na severní straně je předsíňka sklenutá dvěma poli křížové klenby bez žeber (původně snad zamýšlena klenba žebrová), portál z předsíně do trojlodí je gotický s profilovaným ostěním. Při opravách v 1etech 1908—11 byl odkryt na severní stěně presbytáře pod kápí v druhém klenebním poli fragment nástěnné malby, zlomek hlavy sv. Kryštofa z doby kol roku 1300 (současně se stavbou presbytáře).


Zařízení kostela je převážně pseudogotické, oltáře jsou pořízeny podle návrhů  J. Mockera a J. Zachu. Hlavní oltář je klasicistní z roku 1794, opravený roku 1858 a roku 1879, portálový s klasicistními sochami sv. Ondřeje a Šimona a s obrazem sv.Petra a Pavla od Assenborna. Kredenční oltářík sv. Václava v presbytáři vlevo, současně s hlavním oltářem, je drobný, portálový, s novějším obrazem. Oltář Povýšení sv. Kříže (na severní straně lodi) po roce 1700, oválný, bohatě řezaný akantový rám se stuhou. Kazatelna je novodobá, podle návrhu J. Spudila, se čtyřmi soškami evangelistů z 18. stol., nově polychromované. Sochy: krucifix na triumfálním oblouku je barokní, nově polychromovaný; sv. Anna, sv.Jáchym, sv.Prokop a sv.Vojtěch (v lodi na konzolách při pilířích) z 18. století, poměrně kvalitní; obrazy: Ukřižování Páně nad vchodem do kaple v podvěží, z 18. století, Madona (patrně fragment většího obrazu), z 18. století. Renesanční cínová je  křtitelnice z roce 1524; železné tepané dveře do sakristie jsou z 18. století; kropenka je renesanční, kamenná . Kalvárie v kapli sv. Anny z 18. století; oltář P. Marie v podvěžní kapli z 18. století (sestaven ze zbytků starších barokních oltářů), dřevěná gotická socha Madony ze začátku 16.století, na menze je rokokový, tepaný tabernákl z postříbřeného plechu; Jistislavův náhrobek v sakristii, kamenný, figurální, rytý, z 1. poloviny 13. století . 37 kamenných náhrobníků (vně i uvnitř kostela), většinou ze 16. až 18. století.