V době reformátorské – husitské a Lutherovy byla jako v městě Litoměřicích, tak i v Mlékojedech v kostele sv. Martina víra protestantská, a to od doby 30-leté války, která trvala od roku 1618 až do roku 1648. Po této válce nastalo pronásledování výše uvedených církví a krátce na to byl kostel sv. Martina v Mlékojedech převzat správou kostela Litoměřického, učiněn filiálním kostelem kostela v Litoměřicích. Kostel sv. Martina v Mlékojedech vlastnil v tehdejší době kapitál 9.840 zlatých. Na oltáři v kostele se nalézal obraz, malovaný malířem Boroccio a rám je z roku 1696.
V roce 1592 vypukl v Mlékojedech velký požár, který zachvátil též kostel, u kterého shořela celá věž. V roce 1595 byla věž znovu postavena. V roce 1775 byla provedena přestavba kostela, věž však byla již opravena v roce 1595. V roce 1895 spadla korouhvička z věže kostela a byla uložena v litoměřickém museu. V roce 1910 uhodil blesk do věže a o těchto údajích byla v kostele zapuštěna deska. V roce 1916 byla věž znovu opravena. Při vyhoření věže u kostela sv. Martina v roce 1595, byla v Mlékojedech, na památku této události a na další ochranu proti ohni, postavena socha svatého Floriána. Zvony na kostele byly namontovány v roce 1691, novější v roce 1923.
Kostel je podélná jednolodní stavbu s odsazeným, polokruhově uzavřeným presbytářem z roku 1776 a malou sakristií, která přiléhá k severnímu boku. V západním průčelí se stojí mohutná hranolová věž gotického původu. Věž byla obnovena po požáru a částečně se dochovalo její renesanční sgrafitové kvádrování. Ve spodních patrech se věž kromě pravoúhlého západního portálu s kamenným ostěním otevírá štěrbinovými okénky, které jsou v osách stěn. Horní zvonové patro věže má čtyři velká zvuková okny se segmentovými záklenky. Střecha věže je jehlancová, projmutá. Na vrcholu věže je korouhvička s letopočtem 1595, kdy byl kostel po požáru opraven.
V lodi jsou pilastrové svazky s rokajovými hlavicemi. Okna jsou velká, pozdně barokní s mírně vyklenutými záklenky jen na jižní straně. V lodi jsou plackové klenby.
K zařízení patří rokokový hlavní oltář pochází z roku 1776. Je z umělého mramoru a jeho autorem je M. Hennevogel. Titulní obraz hlavního oltáře je novější. Byl umístěn do bohatě řezaného a zlaceného barokního akantového rámu z počátku 18. století. Boční oltář Pohřbívání Krista je dřevěný, pozdně renesančního typu. Má edikulu se zlacenými sloupky a čtyřmi sochami. Nachází se na něm původní renesanční deskový obrázek Pohřbívání Krista z období kolem roku 1600. Mezi ostatní zařízení patří kazatelna, obraz sv. Jana Křtitele, socha Jezulátka a varhany. Vesměr se jedná o díla rokokových tvarů z konce 18. století. Ve 21. století je zařízení umístěno v depozitáři z důvodu probíhající rekonstrukce.
web obce Mlékojedy