Kostel Narození Panny Marie se nachází na levé horní straně klášterního nádvoří. Na první pohled upoutají pozornost dvě 44 metrů vysoké věţe se zvony, spojené arkádovou předsíňkou. Na každé věži jsou pozlacené hodiny. Nad schody vedoucími do kostela jsou umístěny socha sv. Cyrila a sv. Metoděje od sochaře Čeňka Vodníka z roku 1917. Nad portálem je umístěna socha Panny Marie držící v náručí děťátko. Po stranách Panny Marie se nacházejí dva andělé. Vpravo anděl držící kříž a anděl na levé straně drží monstranci. Nad dveřmi do kostela je umístěn klášterní znak.


Kostel je orientovaný, trojlodní. Délka hlavní lodi je více než 30 metrů, délka presbytáře 22 metrů, šířka trojlodí je 22 metrů, šířka presbytáře 8 metrů, výška hlavní lodi je 20 metrů, výška presbytáře 18 metrů.


Z 1. poloviny 18. století pochází vnitřní zařízení kostela. Zasloužili se o to opati Jeroným Hlína, Daniel Schindler a Arnošt Morávek po poţáru roku 1712. Hlavní oltář je vyobrazen jako královský rozprostřený plášť, kde se uprostřed nachází umělecky cenný obraz Narození Panny Marie od moravské malíře Václava Noseckého z Jihlavy. Plášť zakončuje koruna. Vedle hlavního oltáře stojí čtyři pozlacené sochy proroků znázorňující Ezechiela, krále Davida, Isaiáše a Jeremiáše. Pod nimi se nacházejí další dvě pozlacené sochy sv. Norberta a sv. Augustina taktéž od jihlavského sochaře Václava Hebla. Za oltářem je uchováno původní gotické sanktuárium, oltář je barokní dřevěná práce z roku 1730, vybudovaná nad původní mramorovou oltářní mensou z roku 1462.


Za hlavním oltářem se nachází kamenná deska z roku 1462. V nápise se uvádí, ţe byla zřízena při příleţitosti dokončení klášterního chrámu, dvacátým pátým opatem Janem II. Boční oltář Neposkvrněného početí Panny Marie  nad nímž je vyobrazena koruna a černá orlice. Nachází se na levé straně, nejblíže k presbytáři. Původní socha byla nahrazena v roce 1905 skulpturou. Boční oltář božského Srdce Páně se nachází na pravé straně, nejblíže k presbytáři. I zde byla socha v roce 1905 nahrazena skulpturou.


Oltář sv. Norberta znázorňuje sv. Norberta, jak v kleče přijímá od Matky Boží bílé řeholní roucho a od sv. Augusta řeholi. Obraz je namalován vídeňským malířem Antonínem Maulpertschem. Dvě velké sochy představují premonstrátské světce Evermoda a Jarlocha. Po stranách oltáře můžeme spatřit malé sochy krále Heroda, pastýře, sv. Tří králů a plačící Ráchel. Oltář se nachází na levé straně lodi. Oltář sv. Heřmana Josefa, znázorňující sv. Heřmana, kněze ze Steinfeldu, jak přijímá od Panny Marie snubní prsten. I tento obraz byl namalován malířem Maulpertschem. Sochy zobrazují premonstrátské světce Gottfrída a Ludolfa. Sošky po jeho stranách představují sv. Jana Evangelistu, sv. Jana Křtitele, personifikaci Víry a udiveného správce svatební hostiny v Káni.U oltáře je umístěna socha svatého Josefa.


Z doby opata Schindlera pocházejí další čtyři oltáře, nacházející se u pilířů chrámové lodi. Oltář svatého Prokopa, oltář svatého Jana Nepomuckého, oltář proroka Daniela - patron opata Daniela Schindlera, oltář Arnošta z Pardubic - patron opata Arnošta Morávka. V roce 1885 byly oltářní obrazy nahrazeny obrazy svatého Václava a bl. Bronislavy od kutnohorského malíře Vysekala.


Červené opatské křeslo zdobené baldachýnem se nachází v kněžišti po levé straně a je zdobeno třemi andělskými hlavami. Nad křeslem je vyobrazen klášterní znak s opatským kloboukem. Starodávná cínová křtitelnice je  gotická z roku 1629 od tehdejšího administrátora kláštera Jana Václava Althause.


Želivský klášter patří mezi architektonické skvosty Vysočiny