Kostelík sv. Maří Magdalény, vybudovaný v letech 1692-1693 stavitelem Kryštofem Dienzenhoferem, byl první stavbou na ostrohu nad městečkem. Kostelík byl postaven na náklady Serváce Ignáce Engela z Engelsflussu. Stavební dozor měli Jan Rektoris a Benedikt Spinner z Mníšku.


Vzorem pro vybudování kostelíka byla skalní kaple ve francouzském Aix en Provence, kde sv. Maří Magdaléna dlela na pokání. Zvláštností této stavby  byly vnitřní omítky napodobující krápníkovou jeskyni.


Na oltáři byla umístěna socha klečící sv. Maří Magdalény a ve výklencích sochy svatých poustevníků -  sv. Pavla, sv. Antonína, sv. Ivana a sv. Prokopa, všechny z dílny význačného pražského řezbáře Jiřího Bendla. Po straně byl oltářík s obrazem sv. Františka Serafinského a obrazem sv. Františka od Karla Škréty, na druhé straně stála kazatelna. Na jižní straně se nalézala nevelká sakristie a pod ní ve skále vybudovaná krypta.  Podlaha byla dlážděna oblými kameny,  tzv. kačery z  nedaleké řeky Berounky.


Pro kostelík dal jeho zakladatel zhotovit i mešní náčiní – skvostnou monstranci osázenou drahokamy, kalich a zlacenou paténu, pacifikál, ciborium, šest svícnů a kadidelnici.  Kvůli bezpečnosti byl tento poklad uložen na mníšeckém zámku a pouze v den svátku sv. Magdalény, v době konání bohoslužby na Skalce,  byl ve slavném průvodě nesen na Skalku.


Tradice poutí na Skalce skončila rokem 1953 – jednak díky celospolečenskému klimatu, jež nepřálo církevním slavnostem, jednak díky skutečnosti, že kostelík i celý areál byly v 50. letech postiženy necitlivým poddolováním Skalky. S postupem těžby železné rudy se ve zdech kostelíka začaly objevovat trhliny a   v okolním terénu propadliny. Ačkoli byl záhy po skončení 2. světové války celý areál nákladně zrekonstruován,  po deseti letech od rekonstrukce byl zdevastován a  zcela opuštěn. Bendlovy sochy byly z kostelíka přemístěny do mníšeckého kostela sv. Václava, kde je můžeme vidět dodnes, další výzdoba interiéru propadla zkáze.


Po ukončení těžby v r. 1967 došlo postupně ke stabilizaci horninového masívu a to dalo šanci  obnově kostelíka a celého areálu.  Začátkem  80. let byly na kostelíku sv. Maří Magdalény zahájeny záchranné práce - došlo  ke zpevnění základů betonovými injektážemi,  vyzdění trhlin a později dozdění nového věnce. V  r. 1993 byla dokončena  obnova fasády a klempířských prvků, došlo i na opětovné osazení  restaurovaného zvonu.


V červenci 1993, v rámci oslav 300 let od dokončení kostelíka, se před ním konala slavnostní mše sv. sloužená tehdejším arcibiskupem Miloslavem Vlkem. Červencové mše pod širým nebem se od té doby konají v areálu každoročně  a jsou vždy spojeny s kulturními akcemi - výstavami a koncerty v kostelíku a klášteře.