Raně gotický kostel sv.Štěpána byl postavený kolem roku 1260-70 královskou stavební hutí z přímého popudu krále Přemysla Otakara II. v jihovýchodním koutu rozlehlého kouřimského náměstí, pravděpodobně na místě starší stavby, neboť v jeho zdivu jsou použity románské stavební prvky. V letech 1370–80 byla přistavěna jižní kaple, která dnes slouží jako sakristie a v roce 1581 byly provedeny pozdně gotické úpravy. Při požáru v roce 1659 shořela věž a střecha a v roce 1670 vyhořely obě věže, byly při obnově chrámu v letech 1707–41 věže o jedno patro sníženy a zastřešeny cibulovitými báněmi. V letech 1836 a 1876–77 kostel restauroval Josef Schulz, který nechal ubourat mladší předsíně a nově zastřešit věže. V letech 1903–05 a v roce 1908 byl kostel upraven pseudogoticky Karlem Hilbertem.


Kostel je trojlodní stavbou bazilikálního typu s pětibokými závěry, nad kterými se zvedají dvě mohutné hranolové věže. Jižní průčelí je prolomeno širokými trojdílnými okny ze 16. století a vystupuje z něj pětiboce uzavřená sakristie, původně jižní kaple, opatřená úzkými hrotitými okny. Západní průčelí pak zdobí vstupní portál s původním raně gotickým ostěním. Severní stěna je prolomena dvoudílnými, bohatě profilovanými okny a pozdně románským portálem z roku 1260 s polosloupky a hlavicemi zdobenými listovím. Presbytář je zevně opatřen opěráky a osvětlují ho hrotitá okna s kružbami. Kostel je zbudován z lomového kamene, jen některé jeho význačnější části jsou z provedeny z tesaných kvádrů. Ve zdivu severního bočního chóru byly použity kvádříky z neznámě románské stavby.


V roce 1905 bylo na jižním a severním průčelí kostela osazeno 13 renesančních náhrobků bohatých měšťanů nebo nižší šlechty z druhé poloviny 16. a počátku 17. století, které se původně nacházely v podlaze kostela uvnitř. Mezi nejhodnotnější patří náhrobky manželů Pirynových a jejich dětí z let 1600–14 na stěnách sakristie a severní věže, náhrobky Kateřiny Hrabalové (1582), Jana Bakaláře a neznámé měšťanky s růží (kolem roku 1600) na stěnách sakristie a náhrobky Anny Kožešnice (1602) a manželů Polentových (1615 a 1619) na stěně severní lodi. V bezprostřední blízkosti východní zdi kněžiště se nachází prostý kamenný kvádr, označující hromadný hrob vojáků padlých v bitvě u Kolína.


Trojlodí a presbytář jsou zaklenuty křížovou žebrovou klenbou na příporách a konzolách s unikátní rostlinnou výzdobou. Presbytář je v závěru sklenut paprsčitě, po obou stranách je opatřen devíti raně gotickými kamennými sediliemi s trojlistými arkádami na sloupcích, královskými sediliemi, výklenkovým sanktuářem opatřeným bohatě členěným ostěním s původní mřížkou (1380) a arkýřovým pastoforiem vybaveným také originálními pozdně gotickými mřížkami a zdonbeným jemnými rostlinnými reliéfy s motivem Kristovy tváře (po roce 1500). Sakristie je sklenuta jedním polem křížové klenby, v závěru paprsčitě, a vstupuje se do ní a sedlovým portálem ze 14. století, opatřeným původními dveřmi z roku 1500 nebo počátku 16. století. Na západní straně se nachází pozdně gotická hudební kruchta z počátku 16. století, její zábradlí s motivem slepých kružeb je z větší části původní, malba městského znaku však pochází až z konce 19. století.


Pod presbytářem se dochovala unikátní osmiboká kaple sv. Kateřiny z let 1260–70, sklenutá hvězdovou žebrovou klenbou na osmidílný středový svazkový pilíř s motivy úponků vinné révy. Samotná kompozice kaple symbolizuje Strom života a reprezentuje nejstarší známé užití trojpaprskového klenebního systému v Evropě. V kapli se dochovaly unikátní malby z počátku 15. století (kolem roku 1410). Na klenbě je vyobrazen andělský kůr, kde čtyřiadvacet andělů hraje na rozmanité hudební nástroje a malby představují mimo umělecké hodnoty i jedinečný dokument k dějinám české hudby v období vrcholného středověku. Na stěnách jsou pak výjevy ze života sv. Kateřiny a Ukřižování s truchlící P. Marií a sv. Janem Evangelistou. Malby, které jsou ukázkou nejkvalitnějších maleb tzv. „krásného slohu“ v České republice, byly obnoveny v letech 2000–06. Kaple sv. Kateřiny je jednou z nejvýznamnějších raně gotických památek v Evropě.


Původní gotické malby v lodi kostela byly zabíleny, dnešní nástěnná dekorace jsou z roku 1905 od Františka Urbana. Ten také navrhl barevné dekorace vitráží oken, které provedla pražská firma Jana Kryšpína. Převážná část vnitřního inventáře je pseudogotická z roku 1905 od Jana Kastnera (hlavní oltář), S. Zálešáka a V. Mráze, dochovalo se však několik barokních obrazů, raně barokní lavice z doby po roce 1670 a v kapli sv. Kateřiny výklenkový oltářík* protimorových patronů z doby po roce 1714 (výtvarným unikátem, který zřejmě nemá v Čechách obdobu, jsou na něm polychromované terakotové plastiky sv. Kateřiny, sv. Rocha, sv. Šebestiána a sv. Rozálie).


Na kruchtě jsou umístěny varhany od Karla Schiffnera z let 1879–80, na konci 19. století byla také pořízena dnešní pseudogotická kazatelna, zdobená složitými architektonickými řezbami a deskovými malbami evangelistů. Na břevně triumfálního oblouku je osazen velký barokní krucifix, který je zdařilou prací neznámého sochaře z poloviny 18. století.


V kostele bylo původně umístěno románské sousoší „Kouřimští lvi“ z doby kolem roku 1200 (originál je dnes v lapidáriu Národního muzea v Praze, kopie v kouřimském muzeu). Sousoší tvoří obluda stojící na dvou lvech a původně zřejmě sloužilo jako kazatelna nebo podstavec křtitelnice. Dle názoru archeologa M. Šolleho pochází sousoší z kostela sv. Jiří na bývalém hradu (vychází z představy, že to byl v raném středověku hlavní kostel v Kouřimi), tato teorie však nebyla nijak potvrzena.


I přes pozdější úpravy je kouřimský kostel sv. Štěpána jako první stavba klasického gotického stylu vzešlého ze sasko-hessenského prostředí s vlivy burgundské gotiky v Čechách jednou z nejcennějších stavebních památek evropského kulturního dědictví.