Kostel byl postaven krátce po založení města, v druhé polovině 13.století. Tehdy to byla jediná celokamenná stavba uvnitř města. Kostel byl několikrát opravován a tak se do dnes z původní stavby dochovalo jen několik kamenných zlomků. Hlavní loď s klenbou v pozdně gotickém slohu pochází z let 1550-60 z dílny domácího stavitele Antonína Salnellyna. Po roce 1685 byl na oltář umístěn obraz Panny Marie Klatovské, spojený se zázrakem Panny Marie, která krev ronila a uzdravovala.

Předpokládá se, že už původní kostel měl charakter baziliky se třemi podélnými loděmi (jednou hlavní a dvěma nižšími) a příčnou lodí oddělující kněžiště. Z původní stavby se dodnes zachovaly zbytky zdiva příčné lodi.


Další oprava je datována na přelom čtrnáctého a patnáctého století. Podle farní kroniky byl kostel přeplněn věřícími až k oltáři. Pro peníze na opravu se Klatovští obrátili na pomoc do Říma k papeži Bonifáci XI, který v roce 1399 a poté v dubnu 1400 vydal listy, kterými vybízel věřící pražské, pasovské a řezenské, aby přispěli na opravu chrámu. Ten kdo přispěl almužnou a přijal v tomto chrámu svátosti o svátku Filipa a Jakuba nebo v dalších dvou dnech, dostal odpustky 40 dnů. Díky těmto listům došlo nejen k opravě, ale i k rozšíření tohoto kostela. Byla odbourána apsida starého kostela, který byl zvětšen přístavbou příčné lodi, presbytáře a dvou sakristií. Tyto přestavby byly provedeny ještě před dobou husitskou.


Přestavba západní části hlavní lodi byla provedena po živelné pohromě po roce 1550. Tato pohroma, která se uvádí, že byla s největší pravděpodobností vichr, způsobila spadnutí krovu a klenutí. Celá západní část byla rozebrána a od základu znovu vybudována. Stavbu prováděl mistr Antonín v letech 1551-1558. Hlavní loď byla zaklenuta síťovými a hvězdovými klenbami.

Další významná rekonstrukce byla provedena roku 1898-1919. Tuto rekonstrukci vedl architekt Josef Fanta. V průběhu této rekonstrukce byly odstraněny  barokní úpravy a byla doplněna novogotickými prvky, které byly inspirovány rytinou Jana Willenberga z roku 1602. Byl též přenesen raně barokní portál z roku 1687 a vložen do čela bílé věže.

Hlavní portál je tvořen ústupkovým lomeným obloukem, který je z vnější strany dekorováno kraby, a ukončen kytkou. Portál je přibližně od poloviny lemován fiálami, které vystupují z konzol ve tvaru maskarónů. V druhém plánu centrální části průčelí, nad portálem je galerie, jejíž půlkruhové postraní oblouky jsou doplněny drobnými tympanony se slepými rozetami a završenými opět kytkou. Jednotlivé pilířky římsové galerie jsou také doplněny fiálami. V centru galerie dominuje větší trojúhelníkovití tympanon v němž je umístěna socha Ježíše Krista. Po jeho levici a pravici jsou v galerii sochy světců. Za středovým tympanonem je centrální okno lemované fiálami a zakončené kytkou. Opakuje se zde motiv portálu z portálu. Po stranách okna jsou na konzolách sochy světců doplněné baldachýnem. Konzoly mají motivy lidské a bájné postavy.

Prostor kostela je od západu členěn na hlavní síň a dvě vedlejší síně, které jsou spojeny s hlavní síní dvojicí vysokých lomených arkád na středních válcových sloupech. V prvním poli síťového trojlodí se nachází kůr. Ve střední části kostela se nad oběma bočními síněmi nachází po obou stranách barokní empora. V hlavní lodi se právě v těchto místech nachází vítězný oblouk. Za centrální částí se nachází převýšený presbytář, který je zakončen pěti stranami pravidelného osmiúhelníku.


Hlavní loď je zaklenuta hvězdicovou klenbou. Žebra klenby mají hruškové profilování a jsou ve spojích přetínaná kromě středu hvězdic. V hvězdicích jsou spojena svorníkem s květovou dekorací, na které se nachází šesticípá červená hvězda. Jednotlivá žebra jsou svedena na pilíře mezi hlavní a bočními síněmi a v centru u vítězného oblouku jsou svedena do dvou jednoduchých mohutných osmiúhelníkových konzol. Nad bočními síněmi se nachází síťová klenba parléřovského typu, která má žebra s hruškovitým profilováním a mezi jednotlivými poli je propojena přetínanými žebry. Vrcholy klenby jsou bez svorníků. Žebra jsou na zdi svedena do přípor s kalichovitými hlavicemi, které jsou zakončeny půl nebo čtvrtkruhovými krycími deskami.

Pod kůrem se nachází jednoduchá čtyřcípá hvězdicová klenba bez svorníků svedená přímo do nosné stěny. Hvězdicová klenba centrální lodi je předělena vítězným obloukem, který je profilovaný mohutným stlačeným hruškovcem lemovaným výžlabkem, oblouny a drobnými výžlabky. Za vítězným obloukem se v centrální části mezi emporami nachází jednoduchá hvězdicová klenba hruškovitého profilování, která je svedena do decentních kalichovitých konzolek se zlatými kroužky po obvodu. Žebra jsou spojena kulatými svorníky. Nad emporami je naznačena klenba vedlejších lodí pouze štukem na omítce. Presbytář je klenut hvězdovou klenbou. V závěru je pro doklenutí osmiúhelníků použito šest cípů hvězdy, na kterou dosedají dvě dvojice trojúhelníkových výsečí, vrcholy propojují úseky příčných žeber. Žebra jsou hruškově profilovaná s kulatými svorníky svedenými do římsových konzol, které se u nosných stěn kostela mění v přípony. Postranní křídla presbytáře jsou zaklenuta křížovou klenbou, která dodržuje stejná pravidla jako klenba nad hlavní částí presbytáře.


Pod vítězným obloukem se nachází oltář a po jeho levé straně je dřevěná kazatelna ze 17. století, která je na kamenné okrouhlé patce s gotickým profilováním a je nesena stojícími anděli. Po pravé straně od oltáře je křtitelnice zvonového tvaru na třech nohách se lvími hlavami z roku 1526. Pod levou emporou se nachází oltář svatého Jana Nepomuckého s řezaným rámem z velkolistého akantu, do něhož je vkomponováno osm postav českých patronů a je z roku 1700. Pod pravou emporou je oltář Nejsvětější Trojice. Na postranních oltářích po bocích hlavního oltáře se nachází obrazy svatého Josefa od I. Raaba z roku 1747 a svatého Václava od V. Malého. Hlavní oltář je barokní, tabernáklová architektura se šroubovitými sloupy z roku 1700, v centru něhož se nachází obraz neposkvrněného početí Panny Marie.