Byla založena kolem roku 1700 v místě bývalého gotického kostelíka a za přispění bohatých mecenášů z významných šlechtických rodů i z řad táborských obchodníků budována bezmála třicet let. Samotný kostel, jehož projekt si vzal za vzor patrně dílo jednoho z nejtalentovanějších architektů své doby, Jana Santiniho, se podařilo dokončit již v roce 1714. Postupně ke kostelu přibyly ještě ambity a kaple, až vznikl neobyčejně působivý stavební soubor s půdorysem přibližně ve tvaru dvojitého kříže.
Krásu umělecky vysoce hodnotné barokní stavby podtrhuje její sepětí s okolní přírodou. Jedna z nejcennějších kulturních památek v regionu tak právem snese srovnání s největšími skvosty architektury evropského baroka.
Klokoty představují také cíl oblíbených vycházek. Z Kotnova přes Holečkovy sady, pojmenované na počest významného spisovatele a překladatele Josefa Holečka (1853-1929), který v Táboře studoval, sem vede křížová cesta. Poutní kostel stále slouží i původnímu účelu, neboť vždy na konci léta se zde konají bohoslužby za účasti velkého počtu návštěvníků z blízkého i vzdáleného okolí.
Podle webu města Tábor