Tvrz na nevysoké skalnaté terase nad potokem Blinka vznikla pravděpodobně již kolem roku 1265 za Předoty z Hradenína nebo nejpozději v letech 1289-95, kdy se vzpomíná Zbyslav z Hradenína a v roce 1295 spolu s ním i Bruno z Hradenína. Tato starší tvrz, asi dřevěná, stála nejspíše na jiném místě, a to v jihovýchodním koutu současné návsi (na místě domů čp. 58 a 62).

Na počátku 14. století tvrz zřejmě zanikla, zprávy o ní totiž v dalším období chybí, nicméně Zbyslavovi potomci se v Hradeníně připomínají ještě v roce 1325. Kolem roku 1380 získal Hradenín bohatý kutnohorský měťan Mikuláš Písek (Pešek), který se v roce 1398 psal z Hradenína. A právě za něho byla postavena dnešní tvrz, chráněná z jedné strany rybníkem, na zbylých stranách ve skále vylámaným příkopem plněným vodou z potoka Blinky a hradbou s obranným valem ukončeným palisádou, který obklopoval celý areál. Źe byl Mikuláš Písek (Pešek) skutečně stavitelem tvrze doložil dendrologický průzkum dochovaných dřevěných článků v nejvyšším podlaží věže (stromy na ně byly pokáceny kolem roku 1380).


V roce 1409 koupil Hradenín Reinhard z Mühlhausenu, významný šlechtic se styky na císařském dvoře Karla IV., za něhož byla realizována velkolepá přestavba ve stylu vrcholné gotiky. Ještě více bylo zpevněno opevnění, příkop byl vyzděn a také byl vylepšen systém v napájení příkopu vodou. Vstupní brána na západní straně byla opevněna polygonální baštou a upravena a modernizována byla i samotná obytná věž, o čemž svědčí nemnohé dochované gotické detaily (portály, ostění). Obytné prostory se nacházely v prvním a druhém patře věže, ve třetím patře byla velká obytná místnost prolomená k východu dvojicí hrotitých oken (ve starší literatuře se chybně uvádí, že okna vedou do bývalé kaple), vytápěná kachlovými kamny. Po Reinhardově smrti se ovšem dcera Ofka z Hradenína v roce 1423 vzdala svých dědických nároků k Hradenínu ve prospěch strýce Rynarta ze Sluštic, který se stal jediným majitelem tvrze. Rynart prováděl velmi obratnou politiku ve prospěch Jiřího z Poděbrad, která nakonec vyústila jeho volbou za českého krále (1458), byť on sám se jí nedožil, neboť zemřel kolem roku 1450. To se pak hodilo jeho vdově Machně z Horek, která se o Hradenín soudila s královskou komorou po manželově smrti až do roku 1460, kdy ji byl na přímý zásah krále Jiřího z Poděbrad navrácen. V roce 1482 se na Hradeníně připomíná její zeť Mikuláš Dax z Hammerštejna, ale v roce 1488 po smrti Machny získává celý statek Bušek Kdulinc z Ostromíře jako dar od krále Vladislava Jagelonského. V roce 1499 se jako majitel Hradenína připomíná Beneš ze Solopysk. Počátkem 16. století se Hradenín dostal do vlastnictví rodiny Amchů z Borovnice, z nichž se v roce 1515 připomíná Albrech Amcha a později Václav Amcha z Borovnice, hejtman kouřimského kraje. Tento významný úředník potřeboval prezentovat své důležité postavení a proto nechal tvrz rozšířit o renesanční palác, přiléhající k bráně, a přes vodní příkop vybudoval kamenný most. Touto přestavbou získala již tak dost rozlehlá tvrz charakter hradu, proto je v dokumentech označována za "zámek".


V roce 1531 prodal Vávclav Amcha Hradenín Bohumilu Horňateckému z Dobročovic, který ho v roce 1534 postoupil Anně z Tloskova a jejím bratrům Hynku a Ctiboru Nečanským z Minic. Jejich rod zde sídlil až do roku 1600, kdy tvrz kupuje kutnohorský měšťan Václav Šatný z Olivetu, který ho v roce 1606 postoupil náhradou za dluhy svému věřiteli Václavu Zárubovi z Hustířan, majiteli nedalekého zámku v Radimi. V roce 1615 Hradenín kupuje Markéta Talmberková, rozená Trčková, která ho ale v roce 1623 prodává Anně Kedrutě Dobranovské z Těhenic, jejíž syn Václav na Hradeníně sídlí až do roku 1652. Od něj tvrz koupili poslední majitelé, kteří na ní trvale pobývali - Kateřina Magdalena Častolárová z Mejtolu s manželem Ladislavem Častolarem z Dlouhé Vsi. Za jejich vlastnictví byla v polygonální baště u hradní brány zřízena kaple s barokní lunetovou klenbou a malbymi, které byly patrné ještě při popisu tvrze v 50. letech 20. století. Po 11 letech ale Kateřina (titulovaná jako paní na hradě Hradeníně) prodává tvrz v roce 1663 Janu Viktorinu z Valdštejna, který celý statek připojil k panství Komorní Hrádek a tvrz byla nadále využívána pouze jako správní budova poplužního dvora.


Ten v roce 1720 koupilo od Františka Josefa z Valdštejna město Kutná Hora, které statek připojilo ke svému panství Lošany. V polovině 18. století byla obytná věž, sloužící jako sýpka, pokryta barokní mansardovou střechou. Na počátku 19. století nastalo období, během kterého se vystřídalo několik majitelů tvrze, až ji v roce 1867 koupili od Jana Altera manželé Josef a Marie Mašínovi, kteří celý areál radikálně přestavěli v souvislosti s rozvojem jeho zemědělské funkce. Především nechali bohužel zbořit renesanční palác se vstupní bránou a na místě zavezených příkopů byly postaveny nové sklady a vepříny. V roce 1870 byl na místě zbořeného paláce dostavěn obytný dům, na jehož stavbu byly použity některé prvky původního paláce. Střecha tohoto domu vrcholila dnes již zaniklou vížkou s hodinami.


Z tvrze se dochovala především mírně lichoběžníková hranolová věž o stranách 9,6×11,5 m vysoká dnes přes 24 m (původně snad ještě vyšší) vystavěná z lomového kamene, zpevněná v nárožích pískovcovou bosáží (částečně nahrazenou novými bloky z oprav v letech 1985–93). Uvnitř se dochovaly dvě patra sklenutá valenou klenbou z doby pozdně gotické přestavby, ostatní patra byla členěná trámovými podlahami. Při základním průzkumu v roce 2015 byly v okenních výklencích 2. patra věže objeveny historické kresby rudkou (zřejmě z 16. století), které jsou zajímavým dokladem o životě dávných obyvatel tvrze. Na západní a severní straně věž obtáčí ve skále vylámaný a částečně vyzděný příkop, přes který vede renesnční most a na severní a západní straně hradba s parkánem a s polygonální baštou. Vedle zbořené brány stojí obytný dům z konce 19. století. Na jižní a východní straně se dochoval vodní příkop, kterým protéká potok Blinka.