Z původního hradu 13. století, který stál v jižní části skalnatého ostrohu, se nezachovaly téměř žádné stavební pozůstatky. Také z pozdně gotických přestaveb hradu a pevnostního systému města se zachovalo pouze torzo. Úpravám nejdéle odolala dvě křídla hradu (východní a západní), vystavěná podél úzkého dvora. Na tyto stavby navazovalo na severu příčné křídlo s rozsáhlou místností. V jižní části bylo nádvoří uzavřeno čtvrtým křídlem. V severovýchodním rohu východního křídla stála velká hranolovitá věž, chránící obytný prostor hradu.


Z interiérových prostor se po mohutné přestavbě na konci 15. a počátku 16. století zachovaly pouze některé přízemní místnosti. V západním křídle je to např. pozdně gotická síň, sklenutá síťovou klenbou s terakotovými žebry, v jejichž průsečících jsou štítky se šternberskými hvězdami (dat. do let 1470-1480). Vznik unikátní architektury byl podmíněn i účastí kameníků z pražské hradní huti. Jedním z nich byl i Wendel Rosskopf (působící i v nedalekém Táboře a v Soběslavi), který kolem r.1515 vystavěl v přízemí dodnes zachovanou síň, zaklenutou na střední pískovcový sloup v podobě stromu s otesanými větvemi. Do jižní stěny této místnosti byl kolem roku 1520 vsazen pískovcový portál, na jehož římse je vytesán štítek se šternberskou hvězdou.


Po šternberské přestavbě na konci 15. a počátku 16. století se bechyňský hrad dočkal největších stavebních úprav až v poslední třetině 16. století, kdy se stal jeho majitelem Petr Vok z Rožmberka. Za jeho panství získal hrad zcela novou podobu. Od sedmdesátých let byly  bořeny a upravovány prostory bývalého hradu - tzv. "starý zámek" a nově vznikala další část, tzv. "nový zámek". Pod vedením italského stavitele Baldassara Maggiho z Arogna vyrostl severně od bývalého hradu renesanční zámek, založený na čtvercovém půdorysu kolem menšího nádvoří. Přes příkop, vybudovaný směrem k městu, se bylo možno dostat do zámku po padacím mostě (nahrazen mostem kamenným) vstupní branou, nad níž dominovala severnímu průčelí zámecká věž s bijícími hodinami. Nově vystavěná patra sterého hradu i prostory nového zámku byly nákladně zdobeny, zařízeny a malovány. Z pozvaných malířů prováděli nejrozsáhlejší práce Gabriel de Blonde, Vilém a Bartoloměj Jelínkové, štukovou výzdobu (např. v soudnici) Antonio Melana. Bohaté malby figurální i ornamentální se uplatnily v soukromých i společenských prostorách zámku, např. v tzv. zbrojnici a soudnici. Nad pozdně gotickým, renesančně přestavěným průjezdem zv. Jelenice, který byl sklenut hřebínkovými klenbami, byl v prvním patře vybudován reprezentativní rožmberský sál, zv. svatební síň Petra Voka. Na stěnách byl vyzdoben bohatou malovanou výzdobou (např. pět vyšších soudů Království českého, starozákonní postavy atd.). Místnosti a chodby v přízemí nového zámku byly většinou sklenuty křížovou hřebínkovou klenbou, patro bylo sklenuto jen částečně. Také vnější úprava zámku byla provedena nákladně. Na zdech přestavěných pozdně gotických budov byla realizována malovaná dekorace, nový zámek byl vyzdoben sgrafitem.


Celkový rámec nového sídla doplňovalo i nejbližší okolí a zázemí, které zabezpečovaly požadovanou životní úroveň.  Do zámku byla zavedena voda, byla zde zřízena lékárna a u zámku byla založena zahrada. K vlastnímu zámku patřily další, především hospodářské objekty hlavně v prostoru předhradí. Již od konce 15. století zde stála budova špýcharu, v 16. století byl k hradbám přistavěn pivovar. V roce 1586 koupil Petr Vok v předhradí pro své potřeby od původních majitelů tzv. Hozlaurovský dům postaven kol. poloviny 16. století).


Dodnes není zcela jednoznačně vyřešena otázka polohy a podoby církevních staveb, nacházejících se u zámku (kostel sv. Jiří, bratrský kostel).


Obdobně jako se v následujících staletích měnily interiéry zámku, v nichž jednotliví majitelé uplatňovali době odpovídající úpravy (empír, rokoko,neogotika atd.), docházelo k přestavbám, likvidacím nevyhovujících prostor a výstavbě nových budouv i v předhradí. V roce 1690 byl přestavěn pivovar (další úpravy v 19. a 20. století), v roce 1759 provedl D.Morazzi stavební úpravu tzv. Hozlaurovského domu. Roku 1776 byla na předhradí postavena paarovská jízdárna (přeměněna v r. 1864 v duchu romantické gotiky), na počátku devadesátých let 18. století bylo zbořeno jižní křídlo zámku s fortnou a kaplí sv. Ludmily, postupně byla odbourána část opevnění, byl založen empírový park, atd.