Počátky města Benátek nad Jizerou jsou úzce spjaty s historií sousedního dražického panství, k němuž od 13. století náležely. Původní osada byla na levém břehu Jizery, kde dodnes stojí část města zvaná Staré Benátky. Nevýhodná poloha byla patrně důvodem k tomu, že pravděpodobně v r. 1343 byly Benátky přeneseny na sousední výšinu na protějším břehu řeky a povýšeny na město. Jan z Dražic zde založil v roce 1349 klášter cyriaků s kostelem a školou, bezpochyby k uctění památky svého slavného strýce, pražského biskupa Jana IV. z Dražic (1301 – 1343). Nově založené město, jemuž dražická vrchnost udělila četná privilegia, hospodářsky vzkvétalo. V r. 1420 je však dobyla husitská vojska táhnoucí ku Praze a klášter vypálila. Majitel Dražic, Aleš Škopek z Dubé, tehdy ještě patřil ke stoupencům katolické strany. V roce 1421 přestoupil k podobojí a krátce potom, v roce 1424, byl jeho hrad Dražice katolickými pány dobyt a vypálen. Další dobytí hradu, k němuž došlo údajně ještě v polovině 15. století, mělo za následek, že postupně propadal zkáze a pustl.


Když v roku 1512 koupil dražické zboží Bedřich z Donína, rozhodl se přenést své sídlo z Dražic do Nových Benátek a vystavěl si tam po roce 1526 na zříceninách starého kláštera renesanční zámek. Na výzdobě zámku se pracovalo i v dalších destiletích. Nový majitel se již psal nikoliv „na Dražicích“, ale „na Benátkách“ a také název celého panství byl této změně brzy podřízen. Donínové byli horlivými stoupenci a podporovateli jednoty bratrské a Nové Benátky se staly v polovině 16. století jedním z mnoha jejích středisek v kraji. V letech 1529 – 1532 zde působil jako bratrský jáhen i pozdější biskup jednoty Jan Augusta, donínským úředníkem byl i známý českobratrský tiskař Oldřich Velenský z Mnichova. Také samotné město zaznamenalo za Donínů nebývalý rozkvět. Kromě zámku postavil Jindřich z Donína v r. 1590 ve městě i chrám sv. Máří Magdalény, původně jako českobratrskou modlitebnu. Jeho synové prodali po roce 1599 panství Rudolfu II. na jeho pozvání pobýval na benáteckém zámku od 20. srpna 1599 slavný dánský astronom Tycho Brahe. Díky císařově štědré podpoře zde začal budovat observatoř, přestěhoval sem svou knihovnu a většinu přístrojů, z nichž mnohá sám vynalezl nebo zdokonalil. Jeho pozorování se však neomezilo jen na Benátky, ale zajížděl i do okolí, zvláště na tvrze Hrušov a Jiřice. V Benátkách se Tycho Brahe setkal i s Janem Keplerem, který sem přijel na jeho pozvání 3. února 1600.


Třicetiletá válka neblaze postihla i slibně se rozvíjející Nové Benátky. Město i zámek byly několikrát obsazeny a zpustošeny vojsky a pozdější požáry a morová epidemie v druhé polovině 17. století zdecimovaly obyvatelstvo. Císař Ferdinand III. daroval v roce 1648 benátecké panství svému generálu Janu z Wörthu, který přistavěl ke starému renesančnímu zámku nové, barokní křídlo, tj. dnešní průčelí s hlavním vchodem. V pramenech se od té doby píše o dvou zámcích: starém, renesančním, a novém, barokním, z nichž každý měl svůj vlastní vchod se schodištěm. Kolem zámku pak brzy nato vznikla i četná hospodářská stavení a celý areál i se zámeckým kostelem byl obehnán zdí. Přístup k zámku byl možný třemi branami stojícími směrem k osadě Obodři, k náměstí a k zámeckým skleníkům.


V roce 1656 byl zámek vážně poškozen požárem a řadu let nebyl udržován. Teprve na konci 17. století došlo k jeho dalším stavebním úpravám, které mu daly zhruba dnešní tvář. Obě části zámku byly tehdy spojeny v jeden celek, navíc přistavěl tehdejší majitel panství Arnošt Bohumír ze Schützenu v roce 1702 ještě barokní jednopatrové jihovýchodní křídlo, z něhož vede galerie ke kostelní věži. Barokní přístavba sice vtiskla zámku pečeť harmonického celku, ale na druhé straně způsobila vážné škody na omítkách starého renesančního křídla. Při vylamování nových okenních otvorů a úpravách nadokenních říms, které byly zbarokizovány, byla vážně poškozena sgrafitová výzdoba křídla a zakryta omítkou. Značné náklady si vyžádala i výtvarná výzdoba zámeckého okolí. V těsném sousedství tehdy nově zřízené zámecké brány a bývalé vrátnice je zvláště pozoruhodné sousoší kojící Panny Marie, které vzniklo v roce 1714 a svými tvary připomíná Braunovu školu.


Rovněž za pozdějšího majitele benáteckého panství Ignáce Zikmunda z Klenové a Janovic, který je zdědil v roce 1720 po Arnoštu Jaroslavu ze Schützenu, byl zámek ozdoben mnohými vynikajícími díly architektury a umění. Zámecký park byl obohacen četnými plastikami, jejichž autorem je pravděpodobně benátecký rodák sochař František Adámek. Na bráně, vedoucí kdysi k zámeckým skleníkům, byly umístěny dvě plastiky znázorňující Slunce a Měsíc, v zadní části parku byly umístěny sochy Hérakla, zápasícího se saní, a Atlase, nesoucího na svých bedrech zeměkouli. Dolní zámecká brána byla ozdobena alegorickými plastikami Podzimu a Zimy. Také zděný zahradní pavilón a barokně profilovaná kašna patří mezi poutavá výtvarná díla. Na zámeckém nádvoří je šest plastik trpasličích postav, karikujících služebnictvo vrchnosti z počátku 18. století. jsou připisovány Matyáši Braunovi a byly prý zhotoveny v roce 1713 původně pro Šporkův zámek Kuks k výzdobě závodiště.


Ignác Zikmund z Klenové (zemřel 1764) zřídil na zámku kapelu, v níž začínal svou hudební dráhu i starobenátecký rodák houslový virtuos František Benda. Ten později vynikl jako dirigent u dvora pruského krále Fridricha II.; také skladatelské dílo jeho bratra Jiřího proslavilo českou hudební školu po celé Evropě.

Syn Ignáce Zikmunda z Klenové Václav prodal zadlužené Benátky pražskému arcibiskupu Antonínu Příchovskému z Příchovic (zemřel 1793). Jeho příbuzní vlastnili Benátky do r. 1816, kdy je získaly odkazem sestry Marie, Josefína a Eliška ze Solopisk. Elišku si vzal za manželku Leopold Felix Thun z Hohensteinu, za něhož se Benátky zapsaly ještě jednou do dějin české hudby: v l. 1844 – 1848 tu působil jako učitel v Thunově rodině mladý Bedřich Smetana. Zde složil svou první klavírní sonátu. Učitelské místo pak po něm převzala jeho pozdější manželka Kateřina Kolářová, výborná pianistka.

Za Thunů byly ve druhé polovině 19. století prováděny poslední úpravy benáteckého zámku, které se projevily nákladným vybavením interiéru a dalšími stavebními pracemi v zámeckém parku, k němuž byly připojeny nově vykoupené prostory až k budově děkanství. Byla postavena nová terasa pod kostelem a v r. 1879 zřízen nový portál k hrobce v zámeckém kostele. Když se však v roce 1886 stala majitelkou benáteckého zámku vídeňská zemská banka, objekt postupně pustl a tento proces se nezastavil ani za posledních majitelů Kinských (od r. 1904).

Teprve od roku 1920, kdy zámek koupilo město a zřídilo v něm své úřadovny, bylo započato s postupnými úpravami a restauračními pracemi. Tak byla v roce 1937 obnovena rozsáhlá sgrafita na nádvorní stěně původního renesančního křídla zámku, která se dělí na tři na sobě nezávislé pásy. Nejvýše je úzký pás ornamentální výzdoby, pod ním výjevy z řecké mytologie a ve spodním, nejbohatším pásu, lovecké výjevy. Na vnější straně zámku obrácené do parku, byla po odstranění pozdější omítky objevena působivá výzdoba sgrafitovou rustikou s letopočtem dokončení prací – 1572. Značná péče byla věnována také interiéru zámku. Byl restaurován slavnostní sál v prvním poschodí, jehož strop i stěny jsou zdobeny štukovými reliéfy, na oknech a dveřích řezanými a polychromovanými. Také sousední salónek byl uveden do původního stavu včetně bohatých nástěnných maleb z poloviny 18. století. Úprav se dočkalo i druhé patro zámku, kde bylo v r. 1955 zřízeno městské muzeum. Kromě cenných sbírek a expozic z dějin Benátecka v něm byly zřízeny pamětní síně Tychona Braha, bratří Bendů a Bedřicha Smetany.

Tři stavební období, jimiž benátecký zámek od svého založení prošel, jsou na jeho architektuře patrná. Přesto však celý komplex, včetně zámeckého kostela Narození Panny Marie, budí dojem organické jednoty kompozice, jejíž stylové odlišnosti v tomto případě rozhodně nepůsobí rozporně. Přispívá k tomu jistě i nejbližší okolí zámku, v jehož zeleni jsou skryta vynikající díla barokního sochařství, a také samotná poloha zámku na srázném pravém břehu Jizery.