Právě toto místo si ve 12. století vybral za svoje působiště rytířský řád Johanitů, aby zde vybudoval svoje sídlo, tzv. komendu. Ta zde fungovala do 15. století, kdy byla zrušena a rozebrána a koncem 16. století, přibližně na témže místě, zde vyrostl, spolu s pivovarem a poplužným dvorem, renesanční zámek, sídlo Jeronýma Hrobčického z Hrobčic. Kvůli dluhům jej však musela rodina záhy prodat a to panu Kryštofu Karlu z Roupova. Mohutné pobělohorské konfiskace roku 1620 však zasáhly i tuto rodinu, která byla zbavena veškerého majetku včetně Manětína. Konfiskát byl tak o dva roky později prodán paní Esteře Mitrovské z Mitrovic. Ta zemřela jako bezdětná vdova roku 1638 a dědicem Manětínského panství se stal její bratr hrabě Ferdinand Rudolf Lažanský, jehož potomci nadále vlastnili Manětín více než 300 let až do konce 2. světové války.
Současná podoba zámku je dílem kompletní barokní přestavby, k níž došlo po velikém požáru roku 1712, kdy bylo zdevastováno celé centrum města včetně velké části tehdejšího renesančního paláce. V tomto období zde žil hrabě Václav Josef Lažanský se svou mladou manželkou Marií Gabrielou Lažanskou – Černínovou. Manželé ihned po požáru zahájili obnovovací práce města, avšak hrabě zemřel již 3 roky po neštěstí a tak veškerá tíha odpovědnosti zůstala na tehdy dvacetileté Marii Gabriele, za jejíhož panování Manětín prošel obdobím největšího rozkvětu. Na obnově města i zámku se podíleli vynikající umělci, mezi nimiž je třeba především jmenovat Petra Brandla s jeho obrazovou výzdobou kostela Jana Křtitele na náměstí, s nímž je zámek důmyslně propojen 30m dlouhou nadzemní chodbou. Manětínské náměstí před zámkem bylo po požáru zcela přestavěno a na svažitém terénu byly vystavěny velkorysé terasy, tzv. škarpy. Ty byly osazeny kamennými plastikami sochařů Štěpána Borovce a jeho žáka Josefa Herschera. Dodnes zde můžeme obdivovat jejich díla - postavy světců, kamenné vázy, kašny, nebo alegorie ctností.
Projekt pro znovuvýstavbu zámku vytvořil tyrolský architekt Tomáš Haffenecker. Jeho původním záměrem byla osově souměrná, dosti rozlehlá jednopatrová stavba, tak jak ji můžeme spatřit vymalovanou na fresce vstupní haly. Tento záměr se však zcela nenaplnil, neboť z finančních důvodů zámek nebyl nikdy úplně dostavěn.
Rod Lažanských žil v Manětíně a vlastnil jej i s přilehlými osadami po více než 300 let až do konce 2. Světové války, kdy jim byl majetek zabaven. Zámek, který byl v té době Lažanskými (respektive dcerou, provdanou Seilern-Aspang ) užíván především jako letní sídlo, byl zestátněn a byly zde zřízeny byty a kanceláře Státních lesů. Později se zde podařilo prosadit (díky Kruhu přátel Manětína) malé vlastivědné muzeum a koncem devadesátých let zde vznikl již malý prohlídkový okruh pro návštěvníky.
V dnešní době naleznete zámecký areál tvořený hlavní zámeckou budovou, ke které na jižní straně přiléhá francouzská zahrada s anglickým parkem a v nejjižnějším cípu můžete nalézt budovy bývalého pivovaru a sýpky. Na západní straně pak areál těsně sousedí se zámeckým hospodářským dvorem.
Objekt má v péči Národní památkový ústav s územní správou v Českých Budějovicích, který se zde nejen stará o údržbu celého areálu, ale umožňuje turistům a návštěvníkům po dobu návštěvnické sezóny prohlídku zámku se zahradou a parkem.
Podle webu NPÚ