Budova, která v době svého vzniku sloužila jako útulek pro osoby nakažené infekčními nemocemi, prošla zásadní stavební obnovou a čeká ji nový život. Od konce léta 2014, kdy rekonstrukce začala, byl objekt kompletně opraven. „V interiérech byly odstraněny novodobé stavební prvky z předchozí rekonstrukce v 80. letech 20. století, byl opraven krov, vyměněna střešní krytina a provedena izolace proti vodě. Místnosti získaly nové podlahy, osvětlovat je budou repasovaná původní okna. Změn doznaly také exteriéry. Nové jsou nejen fasády, ale též znovuvybudované oplocení předzahrádky a funkční dlážděná úprava části vnitřní zahrady,“ přibližuje zásadní proměnu budovy Petr Pavelec, ředitel Národního památkového ústavu, územní památkové správy v Českých Budějovicích.
Finanční náklady na průběh první etapy, jejímž cílem je zprovoznění objektu, činí 24 376 tisíc Kč. V průběhu roku 2016 se práce soustředí na exteriér. Kromě nátěru fasád dojde k sadovým úpravám zahrady a jejímu vybavení odpovídajícím mobiliářem. Tato část by měla stát 1 788 tisíc Kč. Zároveň se začne s opravami interiéru kaple Nejsvětější Trojice, v níž se zachovaly malby Františka Jakuba Prokyše. „V klenbě kostela jsou vyobrazeni Abrahám se třemi mládenci, sv. Augustin, andělé se symboly Nejsvětější Trojice a znak města Českých Budějovic. Naopak na stěnách má freska ornamentální charakter a na východní stěně doplňuje oltář iluzivní malbou,“ konkretizuje výmalbu kaple Petr Pavelec. Kromě fresek bude restaurován i mobiliář, budou opraveny podlahy a vybavení doplní nové kostelní lavice. Tato poslední fáze by měla vyjít zhruba na 4 mil. Kč.
Českobudějovický pozdně gotický morový špitál s kaplí je unikátní tím, že se zachoval v architektonicky čisté podobě. První zmínky o něm sahají do roku 1371, ale o jeho tehdejší podobě se bližší informace nedochovaly. Současná podoba pochází z let 1513-1515. Významného rozšíření v rámci barokních přestaveb se celý areál včetně kaple Nejsvětější Trojice dočkal v letech 1763–1779.
Během 19. století se z bývalého morového špitálu stal chudobinec, který fungoval ještě krátce po roce 1948. Později byly v interiéru zařízeny byty a špitální kostel sloužil k občasným bohoslužebným účelům do roku 1971. V roce 1977 byl opuštěný a zanedbaný objekt převeden do správy Krajského střediska státní památkové péče a ochrany přírody. V rámci tehdejších rekonstrukčních prací vznikla v podkroví půdní vestavba využívaná jako kanceláře pro účely památkové péče až do roku 1996. Později byl objekt využíván k ubytování příslušníků českobudějovické salesiánské komunity. Od roku 2016 v něm opět bude sídlit Národní památkový ústav.