Dominikánský klášter v Českých Budějovicích začal vznikat současně se založením města. Lokátor rytíř Hicrzo vybral plocha na západním okraji městského areálu s bezprostřední vazbou na opevnění města.  Kostel zasvěcený Panně Marii byl vysvěcen 1274. Z celého areálu stál v té době pouze presbytář, ukončený přímým závěrem a asi plochým stropem, se dvěma chórovými kaplemi a schodišťovou věží na rozmezí kaple a vznikající příční lodi. Kolem 80. let 13. století byly částečně vyzdviženy i severní a jižní obvodová zeď trojlodí. Stavební práce pokračovaly po celý zbytek 13. století a dokončení kostela se tak protáhlo až do 14. století.  Na konci 13., popř. v 1. desetiletí 14. století byl starší závěr presbytáře nahrazen polygonálním uzavřením a zaklenut. V těsné návaznosti byly dozděny západní štít, boční zdi a dokončeny klenby transeptu. Dobudováním kostela vznikla trojlodní bazilika s vloženou, pro dominikány netypickou příčnou lodí a trojchórovým závěrem s dlouhým presbytářem.


Po dokončení stavby probíhaly úpravy interiéru kostela. Dominantní nástěnná malba na východní stěně presbytáře zobrazuje postavu sv. Kryštofa. Na jižní straně transeptu se dochovala nástěnná malba představující sv. Dorotu, Zvěstování Panny Marie a svatého Jiří a fragment výjevu z Legendy o umučení 10 000 rytířů. Mimořádná je malířská výzdoba oltářní niky v jižní zdi transeptu. Ve starší vrstvě (kolem 1350—1360) je zobrazena svatá konverzace – Madona s Kristem a klečícím donátorem doporučovaným svatým Dominikem. Po stranách niky doplňují výjev postavy dvou světic. Námětem druhé vrstvy (kolem 1400) je Pieta, doprovázená svatou Kateřinou Alexandrijskou a svatou Barborou na bočních stěnách niky. Vysoce kvalitní malba je srovnatelná s tvorbou soudobých umělců dvorského okruhu. V 15. a v 1. pol. 16. století byly některé starší nástěnné malby překryty novými, na jejichž realizaci se podíleli místní malíři. Doložena je např. účast malíře Samsona 1481—1485.Pozoruhodné nástěnné malby byly objeveny v jednom z polí severního křídla ambitu kláštera. Jde o výjevy Zvěstování Panně Marii, Navštívení Panny Marie.


Kolem roku 1510 doplnil zařízení kostela deskový obraz Madony roudnického typu. Pozoruhodnou výbavu doplnilo několik oltářů. Na počátku 19. století jich bylo asi 30, část z nich gotického původu. Jejich součástí byla kromě deskových obrazů i řezbářská díla. Pro dominikány byla zřejmě vyhotovena i nejstarší řezbářská práce: Panna Maria Rudolfovská (poslední čtvrtina 13. století). Na pomezí gotiky a renesance patří v interiéru kostela několik náhrobků, stejně tak Krucifix, vytvořený kolem 1520 Mistrem Oplakávání ze Žebráku.


Současně se stavbou konventního kostela začala vyrůstat i konventní budova. Nejstarší částí konventu je západní křídlo, která je součástí hlavní hradební zdi. Jednotlivé prostory se rozkládají po obvodu křížové chodby, otevřené do téměř čtvercové rajské zahrady. Podobně jako kostelní interiér byly některé části konventu zdobeny figurální nástěnnou malbou; její nejstarší odkrytá vrstva je datovatelná do doby kolem 1300. Celá stavba konventu byla ukončena koncem 14. století (1380 vznikla subtilní studniční kaple připisována parléřovské tradici). V polovině 15. století byla před konventní budovou postavena hranolovitá věž s kaplí svatého Felixe a Adaukta, zvanou také Česká kaple, v přízemí se nacházejí zbytky nástěnné malby.


Husity nepoškozený klášter se pozvolna dostával do finančních problémů, čemuž napomohly časté požáry. Morové rány způsobily silný pokles členů řádu a zájem o vstup do konventu upadal a tak např. 1525—1548 zde žil sám převor Bernard Bursatoris († 1548). Po jeho smrti konvent dočasně jakožto církevní instituce zanikl. Budovy byly převedeny do správy města. V této době se ztratila původní klášterní knihovna. Část budov byla použita pro kanceláře solních úředníků a mincovny. V roce 1560 byl klášter opraven a 1574 znovu vysvěcen kostel. Dominikáni se do konventu vrátili až 1587.


Větší stavební úpravy byly zahájeny kolem pol. 17. století. V roce 1633 byla na náklad generála Marradase upravena gotická kaple svaté Markéty na kapli mariánskou a byl do ní na nový oltář přenesen obraz Panny Marie Budějovické, byl pořízen  část nového barokního mobiliáře, který byl později doplněn o rokokovou kazatelnu. Od 70. let 17. století proběhly rozsáhlejší barokní stavební úpravy kostela za účasti Francesca  Canevalleho. Upraven byl exteriér kostela a interiér hlavní chrámové lodě. Byl stržen gotický závěr staré jižní chórové kaple a nahrazen novým, půlkruhovým. V hlavní lodi byly gotické hrotité arkády uzavřeny půlkruhovými oblouky a do západní části interiéru byla vložena kruchta s varhany. Příčná loď byla na severní straně rozšířena přístavbou předsíně, v patře byla zřízena malá oratoř. Změněno bylo zastřešení bočních lodí a původní gotická okna byla nahrazena širokými půlobloukovými otvory. Opravu přilehlé konventní budovy vyvolal požár 1723. Jednotlivá křídla, až na gotický ambit radikálně přestavěná, dostala tehdy trojtraktovou dispozici se střední pavilonovou chodbou převyšující střechy. Přestavba skončila 1740, 1772 byla ještě přestavěna starší hranolovitá Bílá věž. Podoba areálu po dokončení barokních úprav je zachycena na mědirytině Františka Jakuba Prokyše.

Podle josefinského dekretu byl konvent 1785 zrušen a areál byl předán  piaristům. Piaristé kostel 1865 opravili, avšak 1870 klášter opustili. Roku 1885 je nahradili redemptoristé, kteří provedli stavební úpravy kostela v novogotickém stylu. Ve stejném stylu byla pořízena většina nového kostelního mobiu a probíhalo restaurování interiéru ambitu.