Kostel je jednolodní, obdélný, s pětiboce uzavřeným presbytářem, s obdélnou sakristií po severní straně a hranolovou věží s ochozem po jižní straně lodi, s přístavkem pro schodiště. Presbytář má zevně opěráky, v ose presbytáře je trojdílné hrotitě uzavřené okno s kružbou.
Z věže do lodi je mohutný románsko—gotiký profilovaný portál z doby kolem roku 1260, z presbytáře do sakristie je gotický pravoúhlý portál z doby kolem roku 1380. Presbytář je sklenut dvěma poli křížové žebrové klenby a v závěru paprsčitě na konzolách zdobených maskami, rozvilinami a arkaturou, sakristie je sklenuta třemi poli křížové žebrové klenby na obdobných konzolách.
Triumfální oblouk je hrotitý profilovaný. Loď je uvnitř členěná pilastry, zaklenuta valennou klenbou s lunetami, kruchta je podklenuta valeně s lunetami. V sakristii jsou zbytky gotických fresek. Roku 1905 byl odkryt cyklus maleb z roku 1641.
Zařízení kostela je pseudogotické z 19. století, obrazy jsou od A. Lhoty z r.1854. Při dveřích je velký barokní krucifix ze 17. století. Zajímavostí jsou hodiny v kostelní věži. Jejich tvůrcem nebyl nikdo jiný než slavný mistr Hanuš. Na ohozu věže jsou umístěny náhrobky z kostela.
Kostel sv. Jiljí v Třeboni je vrcholné dílo gotiky
Podle : Kol.Umělecké památky Čech K/O,2.svazek
Mareš František,Sedláček Jan, Soupis památek, politický okres třeboňský