Hrad Malenovice byl založen v 2. polovině 14. století moravským markrabětem Janem Jindřichem. Po éře vlády moravských markrabat, která skončila pravděpodobně v 90. letech 14. století, se majitelé rychle střídali. Dalším dlouhodobějším majitelem hradu a panství byl rod Lichtemburků, který je vlastnil s malou přestávkou v době husitských bouří od počátku 20. let 15. století do konce 70. let téhož století.


Původní (nejstarší) podobu hradu je vzhledem k bohaté stavební činnosti obtížné určit. Nejnovější poznatky však dovolují vyslovit teorii, že původní hradní jádro se rozkládalo okolo nejvyššího bodu dnešní zastavěné plochy hradního areálu. Jedním z důvodů volby tohoto ne příliš výhodného staveniště může být i případná existence starší tvrze. V čele tehdejšího hradního jádra se nacházela obytná stavba, pravděpodobně věžovitého charakteru (snad pozůstatek tvrze), k níž se od západu přimykal podélný objekt, jehož dvorní fasádu odkryl nedávný výzkum (1998). Severně od popsaných staveb se nacházelo nádvoří obezděné kamennou, přes dva metry silnou hradební zdí. Původní vstup předpokládáme západně od dnešní vstupní věže. Na západní a severní straně byl hrad obehnán příkopem, východní a jižní strany byly chráněny strmými skalnatými svahy.


Na počátku 80. let 15. století získal hrad i panství Vilém Tetour z Tetova, kterému patřilo i panství zlínské. Za Tetourů prošel gotický hrad rozsáhlou renesanční přestavbou, která trvala téměř dvacet let. V roce 1570 prodal Burjan Tetour panství i hrad a otěže vlády po několika krátkodobých majitelích převzal v roce 1573 rod Bítovských ze Slavíkovi, který je držel prakticky do roku 1663, kdy zemřela Anna Veronika Bítovská ze Slavíkovi, dvakrát ovšem provdaná.


Někdy v první polovině 15. století došlo ke zřícení či zboření horních částí věžovité stavby v čele hradu. Následovaly stavební práce k urychlenému zajištění bezpečnosti hradu. Tyto stavební úpravy probíhající za Lichtenburků však neměly dlouhého trvání. Za nových vlastníků Tetourů z Tetova došlo k radikální přestavbě hradeb, na jejichž koruně vznikl kvalitní střelecký ochoz, který je zčásti dochován dodnes. Do této doby je rovněž zařazen vznik hranolové vstupní věže. Ve druhé polovině 15. století též dochází k významnému rozšíření obytných prostor hradu. Severní stranu starého nádvoří doplnily dvě palácové stavby, které mezi sebou ponechaly úzkou, později zastavěnou uličku. Stavební činnost se dotkla i dolní části hradu. Zde vznikl dvouprostorový palác na jižní straně a další stavba přimykající se ke vstupní věži. Do stejné doby se řadí výstavba věžovitého průchozího objektu, který se stal jádrem dnešní budovy předhradí.


V roce 1692 koupil Malenovice hrabě František Karel z Lichtenštejn-Kastelkornu, který si malenovický hrad vybral za své trvalé sídlo a provedl velké stavební úpravy v barokním slohu. Vláda Lichtenštejn-Kastelkornů skončila v roce 1747, kdy Malenovice získali Salm-Neuburkové. Hrabě Karel Vincenc si v 70. letech 18. století nechal postavit zámek v Pohořelicích a malenovický hrad postupně ztratil svůj význam trvale obydleného šlechtického sídla.

Posledními majiteli hradu a panství byli příslušníci moravské větve rodu Šternberků. Ti bydleli trvale v Pohořelicích. Malenovický hrad však zůstal sídlem hospodářské správy panství a její úředníci zde i bydleli, proto majitelé pravidelně investovali do údržby i potřebných oprav objektu. V roce 1942 zabrali malenovické panství i s hradem Němci a dali je do nucené správy. V roce 1946 byl hrad zkonfiskován a od roku 1951 slouží k muzejním účelům.