Areál Jindřichohradeckého hradu a zámku, který se během staletí rozrostl do plochy dnešních tří a půl hektarů, byl postupně vystavěn na místě staršího slovanského hradiště, doloženého archeologickým průzkumem již od 10. století. Hradiště bylo jedním z pomezních hradů - součástí tzv. hradské soustavy, jejímž prostřednictvím bylo spravováno Českého knížectví. Hradcem, později zvaným Jindřichovým, vedla stará obchodní stezka z jihu Evropy. Na českou půdu vstupovala tzv. zemskou branou, kde k její obraně zbudovali Vítkovci hrad Landštejn. Zde, na skalnatém ostrohu při brodu nad soutokem řeky Nežárky a Hamerského potoka se v podobě zmíněného hradiště nacházel další důležitý bod na obchodní stezce, který měl funkci opevněného střediska poskytujícího ochranu a zázemí obchodu a výrobě.


Stavba středověkého hradu, nazývaného v nejstarší historické zprávě z r. 1220 „Novum castrum“ (Nový hrad), je spjata se jménem Jindřicha Vítkovce, zakladatele samostatné Vítkovské linie pánů z Hradce užívající erbu se zlatou růží v modrém poli. Tehdy vznikla okrouhlá Černá věž, navazující palác a byla posílena soustava hradeb. Celý středověký stavební vývoj sledoval mimo vysoké míry obranyschopnosti také reprezentativní charakter usedlosti. Příslušníci rodu pánů z Hradce zastávali již na přelomu 12. a 13. století významné pozice při Českém knížecím a později královském dvoře. Krom svého rodu a šlechtického stavu reprezentovali také Českou zemi. Starý palác při Černé věži se rozrostl ve více stavebních fázích. Jeho současná rozloha je dána poslední, pozdně-gotickou úpravou na přelomu 15. a 16. století. Druhý gotický palác stál na místě dnešního Španělského křídla. Příslušníci rodu pánů z Hradce ovlivňovali podstatně veškeré hospodářské, politické i kulturní dění v této oblasti a téměř v každé generaci zastávali i významné funkce na královském dvoře.


Význam rodu pánů z Hradce se projevil i v postupném rozšiřování sídla z pevného románsko-gotického hradu v monumentální, výtvarně náročně řešenou a dokonale opevněnou gotickou pevnost. Od začátku 16. století byla nejdříve pozvolna, od poloviny století již intenzivně, realizována přestavba starého hradu na renesanční rezidenci podle představ pánů z Hradce, jejichž vkus tříbilo téměř neustálé cestování s panovnickým dvorem, a plánů Antonia Ericera, Baltazara Maggiho, Giovanni Maria Faconiho a dalších italských stavebníků. Na III. nádvoří bylo postaveno Adamovo stavení, protější Španělské křídlo a obě budovy propojily velké arkády. Za nimi, jako koruna tehdejší stavební aktivity, vznikl v malé zahradě hudební pavilon Rondel. Touto velkorysou přestavbou byl stavební vývoj areálu v zásadě ukončen. Úpravy za dalších majitelů měly již jen dílčí charakter a renesanční podobu zámku téměř nepoznamenaly. Mocný rod pánů z Hradce vymřel po meči v osobě Jáchyma Oldřicha z Hradce v roce 1604.

S poslední členkou rodu pánů z Hradce Lucií Otýlií se r. 1602 oženil Vilém Slavata z Chlumu a Košumberka a po smrti jejího bratra Jáchyma Oldřicha r. 1604 se stal dědicem rozsáhlého panství i titulu „ vladař domu hradeckého“. V českých dějinách proslul zejména jako královský místodržící, svržený roku 1618 při tzv. druhé pražské defenestraci z okna Pražského hradu.


Během devadesáti let slavatovské držby zámek nezaznamenal významnější stavební úpravy. Pouze v letech 1678 – 1696 bylo postaveno druhé arkádové křídlo u Rondelu a před ním byla osazena zahradní kašna. Rovněž byly provedeny menší vnitřní úpravy a více zasáhli Slavatové v polovině 17. století do části Španělského křídla vytvořením divadelního sálu (prostora za malými arkádami). Nejstarší dochovaná zpráva zmiňující divadelní sál ve Španělském křídle pochází z roku 1653. Jindřichohradecký divadelní sál byl tak prvním známým zámeckým prostorem v Čechách, speciálně upraveným pro inscenování divadelních představení. Slavatové vládli jindřichohradeckému panství jen po čtyři generace. Potkal je podobný osud jako pány z Hradce, tedy vymření po meči. Na rozdíl od pánů z Hradce však bylo v rodině Slavatů více již provdaných dědiček a slavatovský majetek se tak rozdělil v roce 1693 na pět dílů.

Sňatkem s Marií Josefou Slavatovou, které jako dědický podíl připadl Jindřichův Hradec, jej získal Heřman Jakub Černín z Chudenic. Výkon důležitých státních funkcí i vztah k panovnickému rodu Habsburků přiváděl za prvních Černínů do Jindřichova Hradce významné návštěvy členů císařského dvora i dalších představitelů evropského politického dění.


Za Černínů proběhly poslední větší stavební úpravy zámku. V letech 1709 – 1735 byla barokně přestavěna hradní kaple podle projektu Františka Maxmiliána Kaňky, významného pražského barokního architekta. Uměnímilovní Černínové rovněž investovali do přestavby divadelního sálu ve Španělském křídle. V letech 1746 až 1748 jej pro ně přestavěl architekt Caspari za účasti pražských a hradeckých sochařů a třech malířů. Prostora je v té době zmiňována jako "Komoedisaal". Drobné jeviště mělo osmero výměnných scén a v hledišti byly kromě několika řad lavic i lóže pro panstvo. Naneštěstí postihl v roce 1773 zámek i město rozsáhlý požár, který zničil podstatnou část renesančních interiérů i s uměleckými sbírkami. Budova Španělského křídla byla poškozena nejvážněji. Veškeré vnitřní vybavení a zařízení včetně divadelního sálu bylo zničeno. Provizorně zastřešený a svými pány opuštěný zámek dál chátral. Byl využíván jako hospodářské středisko panství, z velkých arkád byly zřízeny stáje, Rondel sloužil jako dřevník, sklad zvěřiny i jako chlév.


Teprve vlna romantismu přinesla nový zájem o záchranu zámku. Z Černínského paláce byl roku 1851 převezen do upravených prostor zámku rodový archiv, který se stal základem dnešního Státního oblastního archivu, dodnes sídlícího na druhém zámeckém nádvoří. Počátkem 20. století realizoval částečné opravy a úpravy vídeňský architekt Humbert Walcher z Moltheimu, ale některé části zámku zůstaly nadále neopravené.

Černínům patřil zámek až do r. 1945, kdy byl  konfiskován. Špatný stav zámeckého komplexu se nadále zhoršoval, některé budovy hrozily zřícením. V r. 1976 byla zahájena generální rekonstrukce, která s přestávkami trvala téměř dvacet let.