Když po roce 1547 císař Ferdinand I. zkonfiskoval Brandýs nad Labem, byl kostel jednotě bratrské odebrán a předán utrakvistické církvi.V době náboženské tolerance, kolem roku 1600, opět kostel spravoval bratrský kazatel. Po bitvě na Bílé hoře byli členové jednoty bratrské definitivně vypovězeni z Čech a při kostele bylo zřízeno katolické děkanství.
V sedmdesátých letech 16. století probíhaly opravy kostela a tehdy byla odděleně od kostela postavena věž. Nynější barokní věž ale pochází z poloviny 18. století, kdy byl barokně přestavěn celý kostel. Stavební úpravy proběhly také na počátku 20. století. Při těchto úpravách byl osazen nový pseudogotický portál na průčelí kostela.
Kostel Obrácení sv. Pavla je obdélníkový trojlodní chrám s polokruhovým presbytářem. Původně se do něho vstupovalo barokní předsíní, na kterou navazuje trojlodí.Trojlodí je rozděleno třemi páry hranolových pilířů. Hlavní loď je zaklenuta valenou klenbou s lunetami, boční lodě křížovými hřebínkovými klenbami.
Zařízení kostela je převážně v rokokovém stylu, pocházející z druhé poloviny 18. století. Hlavní oltář a kazatelnu se sochou Dobrého pastýře na stříšce vytvořil kolem roku 1770 neznámý pražský řezbář.Po stranách oltáře jsou umístěny sochy sv. Vojtěcha a sv.Prokopa, českých patronů. V bočních lodích jsou oltáře Sv Petra a Pavla a sv.Jana Nepomuckého. V severní boční je oltář sv.Anny, oltář Panny Marie, dále pak oltář sv.Václava u levého pilíře a u pravého pilíře jsou oltáře čtrnácti sv.pomocníků a oltář sv.Kříže.Cínová křtitelnice byla zhotovena roku 1786. Za povšimnutí stojí i najstarší náhrobek z červeného mramoru z roku 1564 zasazený do zdi.
Podle: Kol.Umělecké památky Čech A/J
Informační tabule u kostela