Pozdně gotický kostel je síňovým dvojlodím s protáhlým pětiboce zakončeným presbytářem a zbarokizovanou věží v jihozápadním nároží lodi. Na severní straně lodi otevřená obdélná předsíň s hrotitým portálem a sedlovým rámem dveří, na stěnách předsíně částečně dochovány pozdně gotické malby. Při severní straně presbytáře situována stará a nová sakristie, nad nimiž se v patře nachází tzv. klenotnice.
Presbytář, oddělený od lodi hrotitým triumfálním obloukem, je sklenut síťovou klenbou předhusitského typu, na klenbě zbytky ornamentálních maleb za 17. století. Loď sklenuta síťovou hvězdovou klenbou, dvojlodí v ose podpíráno dvěma pilíři, třetí pilíř asymetricky umístěn v jihozápadním nároží lodi, kde podpírá věž. Na západní straně lodi se nalézá kruchta s pozdně gotickým kamenným parapetem s kružbami, nad níž je rokoková vyřezávaná mříž. Prostor pod kruchtou je sklenut síťovou klenbou. Zařízení kostela je barokní z 18. století a částečně i novodobé z 19. a 20. století. Z doby přestavby kostela se dochovaly i cenná socha Trůnící Madony a reliéf Smrti Panny Marie, pořízené při této příležitosti.
Kostelík Smrti Panny Marie, raně gotický, s křížovou klenbou a barokním zařízením. Kaple sv. Jana Nepomuckého, barokní, se soudobým zařízením. Hřbitovní kaple sv. Terezie, barokní, s novodobým zařízením. Fara trojkřídlá, s přilehlými hospodářskými budovami a zahradou, na severní fasádě fary zbytky barokních nástěnných maleb. Z fary vybíhá spojovací chodba, jejímž prostřednictvím je spojena fara s kostelem.
Nejstarší dochovanou stavbou v Kájově je původní raně gotický kostelík Smrti Panny Marie, datovaný do druhé poloviny 13. století. Během 14. století vznikl při jeho severní straně velký kostel Nanebevzetí Panny Marie, poničený ve dvacátých letech 15. století husity. Chrám byl postupně obnoven a později v letech 1471 -1485 velkoryse přestavěn do dnešní podoby síňového dvojlodí. Jednalo se o velmi oblíbený stavební typ v této oblasti, který byl využit při celé řadě přestaveb kostelů na Českokrumlovsku v druhé polovině 15. století. Kájov mezi nimi svojí slohovou čistotou a kvalitou zaujímá přední postavení. V souvislosti s přestavbou došlo i k pořízení nového mobiliáře pro kostel, z něhož se dodnes dochovaly cenná socha Trůnící Madony, reliéf Smrt Panny Marie a cyklus dvanácti deskových obrazů s tematikou apoštolů. Zmíněná socha madony se stala předmětem úcty poutníků.
Další stavební aktivity se v Kájově pojí až s obdobím baroka, kdy došlo k velkému rozkvětu poutního místa v souladu s rostoucí oblibou mariánského kultu. V roce 1630 byl postaven naproti kostelu hospic pro poutníky, v němž později sídlil i hostinec a škola. Zvětšující se nároky na duchovní správu vyvolávaly i časté stavební úpravy fary, která byla postavena v roce 1661 na místě původní sešlé farní budovy. Roku 1699 byla vestavěna do fary kaple sv. Jana Nepomuckého, jež sloužila ke zpovídání poutníků.
Samotného kostela se však barokní úpravy příliš nedotkly. Pouze v devadesátých letech 17. století se přikročilo ke stavbě tzv. nové sakristie a k barokizaci věže poškozené úderem blesku, kterou provedl stavitel Giovanni Canevalle. Výrazem barokní zbožnosti se stalo v roce 1667 zbudování patnácti žulových sloupů s obrazy růžencových tajemství, které lemovaly cestu z Českého Krumlova do Kájova.
V roce 1769 bylo realizováno spojení kostela s farou prostřednictvím spojovací chodby, která umožňovala kněžím snadný přístup až do sakristie i v době velkých poutí. Při této příležitosti byl také rozdělen přepážkou na dvě části gotický kostelík, jímž chodba procházela. Z kostelíka vznikla kaple Smrti Panny Marie a kaple sv. Linharta. V průběhu 18. století získal kostel také nový mobiliář včetně hlavního portálového oltáře s milostnou sochou Panny Marie Kájovské.
Během druhé poloviny 19. a první poloviny 20. století prošel kájovský kostel několika renovacemi, v jejichž rámci byl částečně vybaven novogotickým zařízením. Po odsunu zdejšího německého obyvatelstva v roce 1945 poklesl význam poutního místa. I přes využívání k církevním účelům se kostel a přilehlé objekty dostaly do stavu vyžadujícího rozsáhlé rekonstrukční práce, ke kterým se však přikročilo až po roce 1989 za podpory Rakouska a Německa. Stavební obnovou prošel kostel a kaple sv. Jana Nepomuckého, rekonstrukce dalších budov stále pokračuje. Vysoká umělecká hodnota pozdně gotického kostela v Kájově vedla v roce 1995 k jeho zařazení mezi národní kulturní památky.
Podle webu města Český Krumlov