Benediktinský klášter v Kladrubech založil český kníže Vladislav I. v roce 1115. Klášter byl založen při norimberské zemské stezce spojující české země s Falcí a Bavorskem, kterou využívali čeští panovníci a kupci při kontaktu s územím dnešního Německa. Už brzy po svém založení se těšil velké přízni přemyslovských a později i lucemburských panovníků.


Kladrubský klášter získal velké množství významných privilegií, která upevňovala jeho postavení v regionu. Kladrubský klášter měl ve svém vlastnictví velké území, které se rozprostíralo mezi Mží, Úhlavkou a hraničním hvozdem. Po své smrti byl Vladislav I. pochován na své vlastní přání v kladrubském klášteře, kde se dodnes nachází jeho hrobka. Ve 13.století patřil klášter mezi nejbohatší v zemi.


Roku 1393 chtěl král Václav IV. využít bohatství kláštera ke zřízení biskupství pro západní Čechy v Kladrubech, to mu však překazil arcibiskupský generální vikář Jan z Pomuka a byl za potvrzení nového kladrubského opata stíhán a umučen. V roce 1421 dobyl klášter Jan Žižka z Trocnova a zanechal zde silnou posádku, která klášter ubránila i před vojsky císaře Zikmunda.


Po husitských válkách ztratil klášter svou někdejší moc a slávu a jen pomalu se vzpamatovával. Také během třicetileté války byl několikrát vyrabován a teprve v pobělohorské době se vymanil z hospodářské krize a začal svůj majetek zvelebovat.


Původní románská bazilika byla v období let 1712 – 1726 přestavěna Janem Blažejem Santinim ve stylu tzv. barokní gotiky. V roce 1770 byla dokončena stavba nového konventu dle projektu K. I. Dienzenhofera.


Dva roky po smrti opata Amanda Streera byl klášter v roce 1785 zrušen Josefem II. a mniši, kterých tehdy bylo 52, klášter opustili 7. dubna 1786. Klášter měl v této době v držení panství Kladruby s 22 osadami, 7 dvory, 6 mlýny a velkým množstvím lesů, panství Čeminy se 13 osadami, 5 dvory a 2 mlýny a panství Přeštice s 3 osadami, 3 dvory a mlýnem. Dále klášter disponoval velkým množstvím šperků, uměleckých předmětů a hotovosti. Klášter byl zavřen a jmění bylo dáno náboženskému fondu.

V klášteře Chotěšov sloužil i písničkář Karel Kryl

Roku 1825 získal areál kláštera Alfréd I. Windischgrätz. Rod Windischgrätzů využíval klášter nejprve jako hospodářská stavení, po první pozemkové reformě sloužil i k obytným účelům. V roce 1945 přešla památka do správy státu.