Velkou předností tohoto chrámu je jednotně řešená výzdoba, takže fresky tvoří spolu s obrazy na oltářích kompaktní ideový celek. Tento působivý interiér z dílen předních umělců Moravy bývá hodnocen jako jeden z nejkrásnějších barokních kostelů na Moravě. Uspořádání výzdoby je přizpůsobeno motivu legendy sv. Jana Křtitele. Přes veškerou ornamentálnost se však výzdoba ubránila přeplněnosti, která v té době nebyla výjimkou. Právě touto ukázněností formální souhry a střídmým užitím ozdobných prvků vyniká celé chrámové dílo, v jehož tvarech doznívá vrcholné baroko měnící se v rokokovou romantiku.
Ústředním motivem je Kristův křest, dále scény ze života sv. Jana a završením kompozice je postava Boha Otce. Na klenbě kněžiště vidíme anděly v oblacích oslavující sv. Jana Křtitele, v lodi pak nebesa přeplněná postavami svatých andělů se symboly Starého a Nového zákona.
Hlavní oltář i boční oltáře vznikly v polovině 18. století a jejich autorem je olomoucký sochař Wolfgang Träger. Byl to dobrý figuralista, ale osvědčil se i jako šikovný dekoratér. Ozdobné prvky uměl řadit velice citlivým a uměřeným způsobem. Obličeje jeho postav jsou oválné s plastickými detaily, které nesou výrazovou složku. Monumentální zděná část hlavního oltáře nad stolem je zdobena vynikajícím obrazem od významného malíře rakouského pozdního baroka Michelangela Unterbergera. Znázorňuje kázání sv. Jana Křtitele na poušti a je považován za jeden z nejlepších oltářních obrazů na Moravě. V tomto pozoruhodném obraze se projevilo umělcovo zaujetí benátskou malbou, pro kterou je důležité utváření světla. Svatý Jan Křtitel je na plátně vyobrazen při kázání v judské krajině zalité slunečním světlem a jako provizorní kazatelna mu slouží terénní vyvýšenina se skálou, o kterou je opřen a z níž se obrací k zástupům lidí pod sebou.
Kostel v Lomnici patří k nejvýznamnějším církevním raně barokním památkám na Moravě
Klenby oltářních výklenků se stejně jako jednotlivé oltáře vztahují k patronům: Nanebevzetí Panny Marie, Zpověď královny Žofie, Mše sv. Karla Boromejského, sv. Josef Kalasánský uctívá Pannu Marii.
Podle webu Zlínského kraje.