Kostel byl založen v letech 1260-73 současně se založením města. Rozestavěný kostel dokončili johanité v první čtvrtině 14. století.  Při obléhání roku 1619 bylo město vypáleno a shořela i věž v horní části. Byly zničeny i zvony a orloj. Roku 1627 zničil věž další požár a oprava se uskutečnila za velkopřevora hraběte Ditrichštejna roku 1729. Roku 1741 byla věž restaurována podle plánu stavitele Václava Germáře.


Na výrázné podélné bazilikální trojlodí kostela sv. Petra a Pavla navazuje presbytář se dvěma poli křížové klenby a polygonálním, paprsčitě sklenutým závěrem. Po severní straně se k presbytáři připojuje hranolová věž s kaplí sv Barbory v patře, na jižní straně sakristie, která má v patře pokladnici.


Křížové klenby hlavní lodi spočívají na zkrácených příporách nebo jehlancových konzolách. Na prosté hrotité pasy mezilodních arkád jsou vloženy boční empory, empora západní je podklenuta na střední pilíř. Klenby postraních lodí nemají žebra, jejich hrany jsou zdůrazněnny ostrými hřebínky. Jednotlivá pole opět oddělují prosté hrotité pasy. Klenba presbytáře má na rozhraní polí přípory s kalichovitými hlavicemi s drobnými konzolkami, na něž dosedají jednotlivá žebra.


Hlavní oltář je pozdně barokní a je z roku 1775 s centrálním obrazem svatého Petra a Pavla. Figurální výzdobu oltáře tvoří sochy andělů a obou sv. Janů. Součástí oltáře je i socha Panny Marie - jedná se o pozdně gotické dílo, které vzniklo kolem roku 1500.Dva protější boční rozvilinové oltáře sv. Jana Nepomuckého a sv. Ludmily se současými obrazy pochází z 18. století. Z téže doby je také rozvilinový oltářík sv. Barbory se současným obrazem. Ostatní zařízení je od J. Hofmana z Rokycan z roku 1734, dva protější boční oltáře sv. Františka a Anděla strážce, kazatelna, lavice, zpovědnice a dveře obou portálů v lodi.


U pilíře pravé boční lodi je náhrobek Adama Šice z Drahonic z roku 1593, vytesán je z červeného mramoru. Gotická kamenná křtitelnice o kruhovém tvaru se nachází v pravé boční lodi.