První přímá písemná zmínka o mělnickém kostele pochází až z roku 1172, kdy kostel po zásahu blesku vyhořel, počátky kostela jsou kladeny do období kolem roku 1000, doby kněžny Emmy (+1006), manželky českého knížete Boleslava II. Kostel byl pravděpodobně zasvěcen jen sv. Petrovi. Kolem roku 1380 proběhla přestavba původní románské baziliky v gotickém slohu. V sakristii na klenbě je svorník s růžicí pánů z Landštejna.


V letech 1483–1488 byla postavena nynější věž a ze stejné doby pochází také chrámové trojlodí. Přestavby se zúčastnil mistr Hanuš Spiess z Frankfurtu, který těsně před tím působil v Praze. Ze staršího kostela se dochovala část románské věže v jihozápadním nároží kostela  a gotické sakristie, stavěné spolu s chórem.  Svou nynější podobu získal kostel v roce 1520, menší úpravy proběhly ještě po požárech v letech 1555, kdy došlo k nahrazení pozdně gotického štítu renesančním štítem se sgrafitovou výzdobou. Roku 1681  byla postavena barokní cibulovitá báň věže. Kostel byl restaurován architektem Kamilem Hibertem v roce 1913-14. Kostel je od roku 1958 chráněn jako kulturní památka.


Interiér kostela je spíše barokní, ale stále zde najdeme plno gotických prvků. Například nástropní fresky presbytáře, cínová křtitelnice z roku 1578, s mladším dřevěným víkem s bohatou páskovou ornamentikou. Hlavní oltář je sloupový s nástavcem se sochami sv.Václava,sv.Ludmily,sv.Máří Magdaleny a sv.Floriána. Sousoší Snímání z kříže od dílny Ferdinanda Maxmiliána Brokofa. Pod presbytářem kostela se nachází kostnice s neuvěřitelným počtem kostí, 10 až 15 tisíc lidí, ty jsou srovnány do obrazců kotvy, kříže a srdce (víra, naděje a láska). Krypta pod presbytářem má křížovou klenbu s lunetami. Na klenbě presbytáře je figurální a ornamentální malba z roku 1583.


Kostel je trojlodní, na délku měří 40 metrů a široký je 21,5 metrů. Klenba je podpírána šesti sloupy. Presbytář sklenut síťovou žebrovou klenbou a v závěru hvězdicovou žebrovou klenbou na štíhlé válcové přípory. Hlavní loď, otevřená do bočních lodí hrotitými oblouky na hranolovitých pilířích, zaklenutá hvězdovou žebrovou klenbou na konzoly. Jižní boční loď je zaklenuta třemi a severní boční loď čtyřmi poli křížové žebrové klenby. Severní předsíň má klenbu síťovou. Přízemí a 1. patro velké věže sklen. složitější síťovou klenbou a podvěží starší věže sklenutou křížovou klenbou. Pod severním oknem můžeme najít pískovcový reliéf znaku Českého království.