Právě na místě, kde dnes stojí kostel a přilehlé budovy fary, se dříve rozkládala rozlehlá pole a zemědělské statky pražských biskupů.
Kostel svatého Bartoloměje dal pravděpodobně vystavět v pořadí dvacátý pražský biskup Jan II. mezi lety 1226 až 1236, jak dokládá nalezaný nápis v presbytáři kostela. Největší zajímavostí kostela jsou vzácné nástěnné malby v klenbě presbytáře a schodišť v obvodových zdech kamenné stavby.
Kostel byl postaven v románském slohu z pískovcových kvádrů jako tzv. tribunový kostel, tzn. vnitřní prostory byly rozdělené na prostor pro lid a vyvýšenou tribunu pro panstvo, resp. vlastníka dvorce, k němuž kostel patřil. Tribuna měla původně i vlastní vstup. Stavba fungovala patrně i jako útočiště pevnostního rázu, proto je kostel vybaven silnými zdmi s úzkými chodbami v síle zdi. Dříve měla věž za tímto účelem nejspíš i krytý dřevěný ochoz.
V období 1570–1743 byla správa kostela v Kyjích svěřena faráři novoměstského kostela sv. Jindřicha. Během 15. a 16. století zpustly okolní stavby, s nimiž kostel původně tvořil jeden celek, a bylo nutné vybudovat sakristii. Přistavěna byla na severní straně lodi.
V souvislosti s obnovením fary v roce 1743 následovaly stavební úpravy, byla zazděna středověká okna a proražena nová v podélných zdech (1758). Kazatelna se roku 1856 přesunula z jižní na severní stranu lodi kostela. V roce 1859 bylo nejvyšší, dřevěné patro věže upraveno do současné podoby. V letech 1973–89 proběhla oprava budovy, v roce 1984 byla dokončena oprava románských oken. V letech 1987–91 proběhla oprava interiéru.
Křtitelnici pro kostel navrhl v roce 1845 architekt Josef Kranner.
Nedaleko kostela vede i železniční trať, která v roce 1845 spojila Prahu a Olomouc. Tato dodnes významná železniční tepna pokračuje přes blízkou zastávku Praha-Kyje dále do centra hlavního města. Tato železniční zastávka byla zprovozněna v roce 1882-
Samotná obec Kyje má podobně jako Hloubětín také bohatou historii, která sahá do raného středověku. Místní název Kyje označoval ves Kyjovy rodiny a ve středověku byl uváděn v několika různých variantách - Key, Kege, Keje.
Podle Pavla Vlčka a kol. Umělecké památky Prahy. Velká Praha, A-L