Slibný rozvoj Plas a rozšiřování klášterního majetku dovršila zkáza opatství za husitských válek. Roku 1421 byl klášter vypálen, komunita rozptýlena, hospodářská doména rozchvácena a postupná konfiskace statků zmenšila plaské panství na minimum.
Stabilizace klášterního hospodářství přišla až po třicetileté válce a spustila vlnu přestaveb, která trvala až do zrušení kláštera roku 1785. V letech 1661-1666 byl za opata Tenglera raně barokně přestavěn původní kostel. Další plaský opat Ondřej Trojer s architektem Jean Baptist Matheyem na samém konci 17. století vystavěl třípatrové sýpky s hodinovou věží, severně od sýpek v novou prelaturu, před ní upravil hospodářský dvůr a mimo klášterní klauzuru zcela přestavěl hřbitovní kostel sv. Václava.
Trojerův následovník, opat Evžen Tyttl, přijal na počátku 18. století do služeb významného architekta Jana Blažeje Santiniho Aichela s nímž přistoupil k velkolepé novostavbě konventní budovy (1711-1740), která předčila všechny tehdejší představy. Monumentální architekturu konventu doplnil ještě dokonaleji zvládnutý podzemní vodní systém stavby důležitý kvůli bažinaté půdě v meandru řeky Střely.
Opat Tyttl a jeho nástupci zadávali práci kromě Santiniho i jiným věhlasným umělcům. Fresky a obrazy pro ně tvořili Jakub Antonín Pink, František Antonín Müller i Josef Kramolín, sousoší pro Karlův most v Praze vytvořil Matyáš Bernard Braun, v místním kostele lze dodnes nalézt díla Petra Brandla. Samotnou konventní budovu po Santniho smrti dokončoval Kilián Ignác Dientzenhoffer. Klášterní areál však nebyl jediný, kterému opati věnovali pozornost - v duchu hospodářských zvyklostí řádu se začaly obnovovat hospodářské dvory, které zajišťovaly samostatné a životaschopné hospodářství.
Dne 9. listopadu roku 1785 byl v rámci josefínských reforem zrušen i plaský klášter. Majetek, nyní již bývalého kláštera, začal spravovat státní Náboženský fond a měl sloužit k financování přeměny církevní správy. Mniši mohli odejít do jiného kláštera u nás i za hranicemi nebo coby světští kněží sloužit na farách.
Roku 1826 se rozhodl bývalý klášter koupit Kancléř Klement Václav Lothar Metternich a to zejména kvůli pozemkům, jejichž rozloha čítala na 10 000 ha půdy. Kromě dosavadního panství Kynžvart tak značně rozšířil svoji majetkovou základnu v českých zemích. Byly to právě Plasy, které si zvolil za místo svého posledního odpočinku a je zde v rodinné hrobce dodnes pochován.
Za kancléře a jeho potomků se Plasy opět staly nejen správním, ale i kulturním a průmyslovým centrem. Byla založena huť na slévání litiny, obnovena výroba piva, ke slovu se dostala činnost hudební a divadelní. Kancléř a jeho rodina, pokud v Plasích pobývali, bydleli na někdejší prelatuře, která byla k tomuto účelu upravena a označována od té doby jako zámek. Samotná budova bývalého konventu byla méně vhodně využita pro služební byty, školu či skladovací prostory. Roku 1894 ji postihl silný požár, který zničil celé druhé patro. Jen díky vysoké protipožární pojistce byly patro i střechy záhy opraveny.
Ani plaskému klášteru se nevyhnuly válečné události, ke konci druhé světové války zde přímo pobývala Rudá armáda. Metternichové se zpět nevrátili, neboť byl jejich majetek na základě Dekretů prezidenta republiky zestátněn. Po odchodu armády byly budovy i pozemky přidělovány nejrůznějším institucím, mobiliář byl rozvezen, rozprodán i rozkraden. Bývalý konvent a sýpka sloužily státním orgánům, části byly pronajímány. Na prelaturu (zámek) byla z konventu přestěhována knihovna. Nejhorším zásahem bylo zbudování krytu civilní obrany pod budovou samotnou v roce 1963.
Od sedmdesátých let začaly být zpracovávány stavebně historické průzkumy pro jednotlivé budovy, rozběhla se rekonstrukce Nemocničního křídla i dalších prostor konventu. V roce 1993 začíná obnova vodního systému, která je dnes z větší části dokončena a vodní systém pod konventem teoreticky funguje tak, jak má.
V klášteře v Doksanech vyrůstala sv.Anežka Česká
V roce 1995 prohlásila Vláda ČR zdejší areál Národní kulturní památkou. Dnes je většina reprezentativních budov kláštera ve správě Národního památkového ústavu.
Podle webu NPÚ