Třetí nejstarší mužský klášter v Čechách se nachází v místě, kde se na začátku 11. století v jeskyni nad řekou Sázavou usadil poustevník jménem Prokop. Časem kolem sebe shromáždil komunitu poustevníků, která se kolem roku 1032 díky přemyslovským knížatům Oldřichovi a jeho synovi  Břetislavovi proměnila v benediktinský klášter. Zvláštností kláštera bylo po celé 11. století slovanská liturgie.  Klášter tak navázal na někdejší dědictví věrozvěstů Velké Moravy sv. Cyrila a sv. Metoděje.  Slovanští benediktini v Sázavě vytvořili řadu významných slovanských písemných památek.


V roce 1055 za vlády knížete Spytihněva II. byli Prokopovi žáci ze Sázavy vyhnáni. Odešli do Uher a šest let strávili v baziliánském slovanském klášteře ve Visegrádu. Nejspíš zde navázali osobní přátelské vztahy s kyjevskými mnichy, což se zúročilo po jejich návratu do Čech v roce 1061, kdy byli povoláni zpět do Sázavy knížetem a budoucím prvním českým králem Vratislavem I.

V tomto období byl vybudován v klášterním areálu první kamenný kostel. Zasvěcen byl v roce 1070 sv. Kříži a sloužil laikům pracujícím pro klášter. Archeologické základy této zajímavé stavební památky, které byl pravzorem chrám Anastasia v Jeruzalémě, byly objevené v 70. letech 20. století archeoložkou Květou Reichertovou a můžete je spatřit na dnešní severní zahradě klášterního areálu. Po smrti opata Víta pak bratři zvolili jeho nástupcem Prokopova syna Jimrama a po něm opata Božetěcha. Tento skvělý umělec, co se vyznal v malířství i sochařství, začal koncem 11. století budovat v klášterním areálu druhou kamennou stavbu. Už nevyhovující  jednoduchý dřevěný kostel, v němž probíhaly každodenní mnišské modlitby a byl v něm hrob Prokopův, proměňoval Božetěch v románskou baziliku. . V prosinci  1096 za vlády knížete Břetislava II. byli podruhé vyhnáni, tóny slovanské modlitby v Sázavě utichly a slovanské písemnosti byly ničeny.  


Začátkem roku 1097 byl klášter osazen latinskými benediktiny z Břevnovského kláštera v čele s opatem Dědhardem (1097 - 1133). Pod jeho vedením mnišský život, přestavby, umělecká tvorba i lidová úcta k Prokopovi, který však dosud nebyl oficiálně schváleným světcem, pokračovaly. Postupně pod vedením dalších  opatů Silvestra (1134 - 1161) a Reginarda z Met (1162 - ?) byl dostavěn velkolepý bazilikální kostel, ale i všechny další klášterní budovy v románském stylu dostavěny.


Ještě za posledních přemyslovských vládců ve druhé polovině 13. století byla zahájena další stavební obnova v duchu nové doby.  Románská bazilika se pozvolna začala proměňovat v baziliku gotickou. Za vlády císaře Karla IV. do Sázavy přišla huť Matyáše z Arrasu, prvotních stavitelů katedrály sv. Víta v Praze a změnila stavební plán původní  hutě. Upustila od baziliky s nestejně vysokými třemi loděmi a pokračovala ve stavbě monumentálního síňového trojlodí. V gotickém duchu pokračovaly přestavby i dalších klášterních budov.


Dodnes mohou návštěvníci uvnitř bývalého konventu obdivovat třeba kapitulní síň s překrásným žebrovým klenutím, zajímavým svazkovým pilířem s reliéfy bazilišků a jedinečnými malbami na stěnách. Pozornost poutá Madona Sázavská, jedinečná svým obsahovým i uměleckým pojetím. Matka Boží tu nechová jako obvykle Jezulátko v náručí, ale vede je za ruku a Ježíšek si nese košíček s barevnými kuličkami. Architektura síně se klade do období kolem roku 1340 a stylově je velmi podobná pracím huti roudnických augustiniánů. Mariánské malby na stěnách se kladou do období let 1360 - 1380. Pokud ale jde o gotický chrám, ten nebyl dosud dostavěn. V roce 1421 vtrhla do Sázavy husitská vojska Pražanů, všichni mniši i stavebníci byli vyhnáni a stavba byla přerušena. Do dnešních časů stojí pouze kněžiště, které překrývá barokní úprava (dnešní kostel) a torzo jižní lodě s věží z červeného nučického pískovce. Dalších více než dvě stě let od husitských válek pak byl klášter v rukou různých nezodpovědných zápisných světských vlastníků (pánů z Kunštátu, Slavatů z Chlumu, Švihovských, Valdštejnů) a chátral.


Nový rozkvět kláštera a hozenou rukavici slavným časům románským a gotickým přinesla až polovina 17. století. Břevnovsko-broumovský opat Seifert v roce 1663 od Valdštejnů odkoupil zpět do rukou benediktinů celý klášterní areál a část jeho bývalého panství. Barokní obnova je spjatá se jmény opatů Ildefonse Nigrýna (1664 - 1679), Benedikta Grassera (1681 -1696) a architekta Víta Václava Kaňky. Autograf architekta Kaňky psaný červenou rudkou na stěnu je dodnes k vidění v kryptě kostela. Kromě stavební obnovy se začala také znovu rozvíjet svatoprokopská úcta.

Rozkvět nezbrzdil ani v roce 1746 vypuknuvši požár, který klášterní budovy a jeho výzdobu značně poškodil. Ve spolupráci opata Anastasia Slančovského (1744 - 1763) s architektem Kiliánem Ignácem Dientzenhoferem a s významnými aktivními umělci, například řezbářem Richardem Práchnerem nebo malířem Janem Karlem Kovářem, klášter přistoupil k pozdně barokní obnově, do které probleskovalo i rokoko. Dodnes můžete v poutním chrámu sv. Prokopa obdivovat rokokový oltář s obrazem Jana Petra Molitora Nanebevzetí Panny Marie, štukovou výzdobu a stropní fresku Setkání poustevníka Prokopa s knížetem Oldřichem a Opata Prokopa rozdávajícího almužnu v refektáři konventu nebo v křížové chodbě kláštera v nedávné době pod mnoha pozdějšími nátěry objevené a nyní postupně restaurované fresky s obrazy ze života sv. Prokopa a dějin kláštera. Ani literatura nepřišla zkrátka. Sázavský mnich a spisovatel Hugo Fabricius nově sepsal život sv. Prokopa a jeho zázraky v podobě díla Požehnaná památka velkého světa divotvůrce sv. Prokopa.  Na vrcholu barokního rozvoje v roce 1785 byl  úředním aktem císaře Josefa II. klášter zrušen.


V roce 1809 se prvním světským majitelem stal pan Vilém Tiegel z Lindenkronu. Areál začal využívat jako zámek, pouze musel vzít na vědomí, že ve středu svého "zámeckého" areálu má funkční kostel a duchovní správu farnosti. Původní klášterní kostel se totiž po zrušení kláštera stal farním chrámem. V roce 1869 rodina Tieglů panství prodala do rukou pana Jana Fridricha Neuberga. Ten se pustil do neorenesančně klasicistních úprav hlavní budovy tak, aby více vyhovovala zámeckému bydlení a měla dobový moderní vzhled. Tehdy vzaly za své vzácné barokní fresky v křížové chodbě, které byly zabíleny. Křížová chodba byla vestavěním zděných příček zrušena. Nově vystavěna byla nová neorenesanční čtvercová věž nad budovou konventu, jejíž hlavní účel byl vizuálně setřít ráz klášterní budovy.

Augustiniánský klášter v Roudnici měl být jenom pro české kanovníky

Již po sedmi letech však Neubergovi prodali panství včetně budovy zámku velkostatkáři Bedřichu Schwarzovi. Jeden z jeho dědiců v roce 1932 prodal část areálu benediktinským mnichům z Emauzského kláštera v Praze, kteří chtěli v Sázavě znovu obnovit klášter. V roce 1940 proto z Emauz do Sázavy přišel benediktin a kněz Method Klement.  Působil zde jako farář při chrámu sv. Prokopa. Obnova mnišského života v duchu slovanského odkazu sv. Prokopa se však vinou druhé světové války a brzy po ní komunistické totality nezdařila. Pater Klement se však úspěšně zasadil o obnovu svatoprokopské úcty, čilý farní život, opravy sázavského chrámu a jeho výbavy. Nechal opravit rozpadávající se pilíře nedostavěného gotického chrámu a vzbudil zájem odborníků o historii a archeologii kláštera. Byl také objevitelem takzvané svatoprokopské jeskyně a přišla myšlenka propojit ji s kryptou Sázavského chrámu a zpřístupnit návštěvníkům, jak tomu bylo ve středověku.