Počátky ženského kláštera jsou bezprostředně spjaty s premonstráty v Teplé a zakladatelem tamní kanonie blahoslaveným Hroznatou .Chotěšovský klášter byl založen mezi lety 1202–1210 blahoslaveným Hroznatou na žádost jeho sestry Vojslavy, a přesunula se sem část sester premonstrátek z kláštera v Doksanech. Po smrti Přemysla Otakara II. v roce 1278 byl klášter i s kostelem v témže roce vypleněn. Po opravě byl kostel roku 1282 znovu vysvěcen.
Za vlády Karla IV. klášter zažíval rozkvět, byl opraven konvent a v jeho držení bylo 56 vesnic a města Stod, Holýšov a Dobřany.
Na počátku husitských válek v roce 1421 došlo k poboření a vypálení kláštera husitskými vojsky. Císař Zikmund statky kláštera zastavil, komunitu se přesto podařilo obnovit. Při všeobecním úpadku klášterního života v 16.století dolehly těžkosti i na Chotěšovskou komunitu. Dekretem ze 6.srpna 1619 propadl konvent konfiskaci a byl prodán Mansfeldům. Po porážce českých stavů se sice majetek dostal zpět do držení řádu, ale při válečných událostech byl konvent těžce poškozen.
Své nejlepší časy zažíval klášter za probošta Norberta Kastla v letech 1666-1680, který zvelebil chrám a opravil konventní budovy.V období vrcholného baroka byla roku 1756 dokončena čtyřkřídlá budova konventu, zřejmě podle projektu plzeňského architekta Jakuba Augustona.
22. března 1782 císař Josef II. klášter v rámci svých reforem zrušil. Řádové sestry dostaly rentu a musely se vystěhovat. Klášter i se svými majetky byl poté předán do správy náboženského fondu. V roce 1822 koupil Chotěšov i s panstvím od náboženského fondu kníže Karel Alexander von Thurn und Taxis z Regensburgu.Klášter začal chátrat, roku 1837 vyhořel.Roku 1878 byla budova konventu pronajata sestrám salesiánkám vypovězeným z německého Moselweisssu u Koblence. Sestry obnovily klášterní komunitu a otevřely penzionát pro výchovu dívek.
V roce 1925 byl v rámci zákonů o pozemkové reformě majetek Thurn-Taxisům zkonfiskován a zůstaly jim jen klášterní budovy .Za druhé světové války byl v klášteře zřízen ženský starobinec, o který se sestry staraly.
V roce 1950 připadl klášter armádě, která jej užívala až do roku 1973. V té době došlo k naprosté devastaci celého areálu kláštera. Část své základní vojenské služby si zde od roku 1963 odsloužil i písničkář Karel Kryl.
Klášter byl využíván filmaři, V roce 1968 se zde natáčely některé scény filmu Žert.
V současné době je klášter spravován obcí Chotěšov.
Podle Pavla Vlčka Encyklopedie českých klášterů