Klášter byl nazván At Graciam beatae Virginis a položení základního kamene se dne 13. října 1357 osobně zúčastnil císař Karel IV. a olomoucký biskup Jan Očko z Vlašimi, což poukazuje na jistě velkolepé a nám dnes neznámé plány s tímto klášterem. Význam skalické fundace potvrzuje i skutečnost, že Dětřich z Portic současně založil i klášterní hrad Šember a kromě císaře a tehdejšího pražského arcibiskupa Arnošta z Pardubic ji potvrdil i papež Inocenc IV. Prvních 12 řeholníků, vedených opatem Mikulášem, přišlo do Skalice ze sedleckého kláštera a jejich počet se měl postupně rozrůst na 50.
Zvýšený stavební ruch přinesl na přelomu 14. a 15. století do Skalice opat Matěj, který pro klášter získal další velkou finanční podporu od krále Václava IV., což dokládá listina z 8. listopadu 1400. Díky ní se mohl především rozšířit konvent, aby se v něm mohlo usadit oněch padesát mnichů, pro jejichž uživení Václav IV. zvýšil královské nadání o tři sta kop grošů ročně. Neimpozantnější stavbou kláštera byl chrám Milostné Panny Marie, na jehož stavbě se účastnila huť Matyáše z Arrasu, uvolněná z budování chrámu sv. Víta na Pražském hradě po příchodu Petra Parléře.
V roce 1421 byl celý areál kláštera zničen husitskými vojsky a jeho majetek zapsal císař Zikmund městu Kouřim. Král Jiří z Poděbrad později zastavil zbořený klášter Janu z Vojslavic, ale až v roce 1481 nechal Vilém Zub z Landštejna klášter obnovit a opat Jan, dosazený opět ze Sedlce, přebral zpět proto tak podruhé ukončuje svou činnost v roce 1533; budovy i chrám byly tehdy ponechány svému osudu.
V roce 1690 byl klášter rozhodnutím sedleckého opata Jindřicha Snopka podruhé obnoven. Původní klášterní budovy však byly již zcela zpustlé a proto byl vystavěn ze zbytků východního křídla klausury a přilehlé sakristie severního křídla prostý dvoukřídlý konvent, na který navázala při jižním rameni transpetu bývalého chrámu barokní kaple Zvěstování P. Marie, sklenutá kříži do pásů a vyzdobená ornamentální malbou. Kaple byla vystavěna v části bývalého chrámu s využitím původních zdí presbytáře. Existence kláštera však opět neměla dlouhého trvání, za josefínských reforem byl klášter v roce 1783 definitivně zrušen. Nevyužívané budovy koupil v roce 1819 měšťan Jiří Dörfel, který konvent upravil na zámek, bývalá klášterní kaple se stala kaplí zámeckou a její průčelí bylo pseudogoticky upraveno. V roce 1840 byly odstraněny dosud mohutné zříceniny kláštera a v nadcházejících letech byl areál převážně hospodářsky využíván, poté, co zdejší statek získal v roce 1872 kníže Jan z Lichtenštejna. V jeho majetku pak zůstal až do pozemkové reformy v roce 1924. V letech 2009–11 byl opraven a staticky zajištěn zbytek refektáře se zazděným oknem.
Jádro kláštera tvořila rozlehlá čtyřkřídlá dispozice, obklopující ústřední rajský dvůr. Ve východním křídle byla kapitulní síň a jižní stranu zaujímalo skriptorium a refektář, který by mohl být podle dochovaných proporcí jednou z největších prostor v Čechách v době vlády Karla IV. Celou severní část objektu uzavíral kostel Panny Marie, který měl nebývale velkolepé rozměry – jednalo se o síňové pětilodí s presbytářem a a s příčnou lodí, dlouhou 40 metrů. Vyloučit ani nelze hypotézu, že pětilodí mělo katedrální dispozici s vysokým síňovým chórem, který obíhal ochoz s bočními kaplemi. Kostel byl projektován jako největší gotický kostel v Čechách.
Z chrámu se dodnes dochovalo pouze deset metrů vysoké torzo mohutného, bohatě profilovaného gotického pilíře z červeného pískovce, prokazatelně dílo huti Matyáše z Arrasu (v 19. století zde stálo ještě 12 pilířů) a fragmenty západní zdi příčné lodi s výběhy žebrové klenby chóru. Z konventu se v budově zámku dochovala vysoká gotická místnost s žebrovou klenbou a zazděné veliké gotické okno s výběhy žeber klenby na budově stodoly. V kouřimském muzeu je uložen opukový svorník (výška 42 cm, průměr 47 cm, vyobrazení anděla, zbytky původní polychromie), který pochází z nedochované chrámové klenby; jedná se o vynikající kamenickou práci z roku 1410. V kouřimském muzeu je také vystaven model kláštera ve 14. stol.
Skalický cisterciácký klášter je považován za jednu z nejzajímavějších architektur lucemburského období ve venkovském prostředí.
Podle : Kol., Řád cisterciáků v českých zemích ve středověku
Líbal Dobroslav, Katalog gotické architektury v české republice
Kol., Encyklopedie českých klášterů