Kostel má dlouhý presbytář s hlubokým trojboce uzavřeným závěrem orientovaným k jihovýchodu a podstatně užší a nižší jižní boční loď. Presbytář je zaklenut osmipaprskově a dvojicí šestidílných polí. Gotická hrotitá okna s kružbami se střídají s opěráky. Na štítě nad neprofilovaným lomeným vítězným obloukem nasazena věžice s kamennou jehlancovou helmicí.Na jižním boku presbytáře kaple sv. Mikuláše, na severním sakristie.
Uvnitř kostela zachován cyklus unikátních maleb apoštolů v nadživotní velikosti na stěnách hlavní lodi a další pozoruhodné gotické fresky z poloviny 14. až z konce 15. století.
Specifická je výzdoba okenních špalet, kde jsou zobrazeny rozmanitá groteskní monstra. Je možné předpokládat, že tyto malby vznikly na základě inspirace z knižních iluminací nebo představovaly masopustní masky z období před pašijovým týdnem. Možná že představovaly různé neřesti, které jsou v protikladu s dobrými skutky světců, zobrazených v kostele. Co znamenaly nebo jaký byl jejich význam v době jejich vzniku, to dnes asi už jen těžko podaří objasnit a tak můžeme a o různých teoriích jenom spekulovat.
Vnitřní vybavení je většinou barokní, hlavní oltář z roku 1673 s obrazem křtu Kristova od K.Schrödera, postranách sochy sv.Rocha a sv.Šebestiána, v nástavci obraz Stětí sv.Jana Křtitele mezi sochami sv.Barbory a sv.Kateřiny, nejvýše sousoší Ukřižování. V kostele a v přilehlé kapli sv.Mikuláše je řada cenných náhrobků ze 14.–17. století, mezi nejzajímavější je pozdně gotický náhrobek Magdaleny z Gleichen z roku 1492.
Podle : Kol.,Umělecké památky Čech A/J
Líbal Dobroslav, Katalog gotické architektury v České republice do husitských válek
Novák Josef, Soupis památek historických a uměleckých v Království českém , politický okres
jindřicho-hradecký
Všetečková Zuzana, Nástěnné malby v kostele sv. Jana Křtitele v Jindřichově Hradci do konce
vlády Lucemburků