Výběr místa nedaleko Vlašského dvora se ukázal záhy problematický natolik, že nedovolil následně dostavbu původně zamýšlené druhé věže, protože poddolované podloží svahu nezajišťovalo potřebnou stabilitu. Stavbu zajišťovala pražská stavební huť. Hlavní jádro stavby bylo ukončeno kolem roku 1380, kdy na řešení západního průčelí se podílela i parléřovská huť, stavělo se však až do roku 1420. I zde se projevuje na stavbě vliv cisterciáckého kláštera v Sedlci.Vystavěná věž je vysoká 86m a podle ní bývá kostel nazýván někdy Vysoký.
Z předhusitského vybavení se dochovala dvě sanktuária vestavěná do hmoty presbytáře. Požáry, které v době husitské prakticky zničily Kutnou Horu, se nevyhnuly ani kostelu sv. Jakuba, avšak nešlo patrně o nijak významné destrukce, protože k opravě krovu došlo až v šedesátých letech 15. století, kdy byly zřejmě vznikly i fresky v mincířské (Salazarovské) kapli. Od třicátých let 15.století do roku 1620 spravovala kostel utrakvistická církev.
K poměrně významným stavebním změnám došlo v osmdesátých a devadesátých letech 15. století z iniciativy významného horního podnikatele Jana Charváta z Ostrova. Byla postavena kruchta nad mincířskou kaplí, opraveny klenby. Inventář kostela obohatily chórové lavice z roku 1484 zhotovené Jiříkem Loreckým z Lkouše a varhany umístěné na Charvátovské kruchtě. Největší investicí měla být zřejmě nákladná archa, která však roku 1507 shořela. Brzy ji nahradila nová, pořízená v dílně mistra Hanuše Efeldara. Dodnes se z ní zachovala renesanční predela s výjevem Poslední večeře datovaná do r. 1515.
K zásadní změně v interiéru kostela došlo až po Bílé hoře, kdy se kostal opět do správy katolické církve. Barokní kultura, působící na všechny smysly člověka, uvedla v život nový výzdobný program. V závěru 17. století tak vznikla většina dnešního vybavení kostela, na němž se významně podílel mimo jiných Kašpar Eigler, tvůrce nového oltáře, dřevěného reliéfu Kristus a bratři Zebedeovi z vedutou Kutné Hory z roku 1678 a korpusu varhan. Nový oltář obohatila také Škrétova Pieta z roku 1673, dar úředníka mince Šotnovského ze Závořic, Palkův obraz Stětí sv. Jakuba (1752) a Nejsvětější Trojice vytvořená Petrem Brandlem roku 1734.
Nejen kostnice, ale i cisterciácký klášter v Sedlci u Kutné Hory stojí za návštěvu
Podle : Kol.,Umělecké památky Čech K/O
Vepřek Josef, Obnovený kostel sv.Jakuba v Kutné Hoře