Na vysoké skalní šíji nad soutokem Vltavy s Otavou založil Přemysl Otakar I. hrad, z něhož se zachovala dnešní Hlízová věž. Za Václava I. a zejména Přemysla Otakara II. byl královský palác vybudován do dnešní lehce nepravidelné pětiboké podoby s patrovými arkádami do nádvoří. Po vymření Přemyslovců získali zástavní držení Rožmberkové a později Švamberkové, za nichž vznikla většina nástěnných maleb.


Ve 2. polovině 16. století byl Zvíkov přestavován, rozšiřován o hospodářské stavby a zesíleno bylo i opevnění, jež se osvědčilo po potlačení stavovského povstání. Švamberská posádka se po dvou letech obléhání vzdala v létě 1622 císařským a hrad byl vypleněn. Zvíkov novým majitelům sloužil jen k hospodářským účelům. Velký požár v roce 1751 přispěl k rychlé zkáze hradu, takže počátkem 19. století ležel v troskách. Pod vlivem romantismu přistoupili Schwarzenbergové v 80. letech 19. století k rekonstrukci kaple, vstupního křídla a arkád a dali nepříliš citlivě restaurovat dochované zbytky výmalby.


Královský hrad Zvíkov byl založen pravděpodobně za vlády Přemysla Otakara I., kdy vznikla Hlízová věž. První písemná zmínka pochází z roku 1234. Tehdy začal hrad být obsazován královskými purkrabími. Hrad, pojmenovaný v duchu tehdy panující módy Klingenberg, sloužil králi Václavovi I. jako útočiště v dobách ostrých sporů  se synem Přemyslem. Za jeho vlády bylo na hradě přistavěno západní křídlo a pracovalo se i na dalších stavbách okolo pětibokého nádvoří. Dnešní podobu a rozsah získal vnitřní hrad za Přemysla Otakara II. Tehdy se stal lehce nepravidelným pětibokým areálem s patrovými arkádami, královskými komnatami a kaplí.


Po vymření Přemyslovců získali zástavní držení Rožmberkové a pohotovou úvěrní politikou si toto držení zajišťovali až do roku 1473, kdy Jindřich z Rožmberka přenechal svému strýci Bohuslavu ze Švamberka zvíkovskou zástavu spolu s klášterem v Milevsku. Švamberská bílá labuť vlála nad Zvíkovem až do pobělohorských konfiskací.


Švamberské období přineslo Zvíkovu velký rozmach. Vznikla většina nástěnných maleb, v areálu hradu byl zbudován pivovar, v letech 1561 až 1597 se sídlo přestavovalo pod vedením stavitele Honse Vlacha.


Švamberská posádka se vzdala císařským až roku 1622. Tehdy byl hrad vypleněn a zasvé vzal i bohatý švamberský archiv. Od té doby přestal Zvíkov sloužit jako sídlo vrchnosti a postupně upadal. Noví majitelé Eggenbergové a po nich Schwarzenbergové využívali Zvíkov jako hospodářské středisko. V roce 1751 část hradu vyhořela a počátkem 19. století ležela již většina areálu v troskách.


Změnu přinesla Zvíkovu až vlna romantismu 19. století a s ní související zájem o památky středověku. V osmdesátých letech se přistoupilo k velké obnově zejména královského paláce, kdy byly dostavěny nádvorní arkády a obnoveno západní arkádové křídlo s restaurovanými nástěnnými malbami. V letech 1970 až 1978 proběhlo rozsáhlé statické zajištění zdiva a byly upraveny a zpřístupněny terasy v místech zřícených královských pokojů.