Kostel byl založen při rozsáhlém profesním domě jezuitském roku 1673 na místě staršího farního gotického kostela ze 13. století zasvěcenému taktéž Mikuláši z Myry. Stavbu, která teprve od roku 1704 pokračovala rychleji a roku 1713 v době morové rány byla na čas přerušena, řídil nejprve proslulý Krištof Dintzenhofer, od něhož pochází prostorná chrámová loď s osmi bočními kaplemi a emporami.
Po jeho smrti v roce 1722 se stavby ujal geniální, vysoce vzdělaný, jeho syn Kilián Dintzenhofer, který krátce před svou smrtí v roce 1752 dokončil vznosnou báň. Podle jeho plánů byla pak dostavěna i věž. Na vnější a vnitřní výzdobě se však pracovalo až do zrušení jezuitského řádu v roce 1773.
Velkolepému zevnějšku rovná se skvostný, nádherou oslňující vnitřek, ozdobený nákladně mramorem, sochařskými pracemi a malbami na slovo vzatých mistrů.
Na naší fotografii je chrám svatého Mikuláše zachycen v roce 1895.